Nội dung thanh kiểm tra bao gồm: Thu phí giá dịch vụ, kiểm tra các điều kiện hoạt động của bến xe, tiêu chuẩn hoạt động và các vấn đề liên quan đến dịch vụ vận tải.
Trước đó chiều 3.7 tại Hội nghị trực tuyến đối thoại với doanh nghiệp vận tải do Bộ GTVT tổ chức, đại diện DN vận tải Phương Trang (Cần Thơ) đã “tố” việc Bến xe Cần Thơ thu phí xuất bến quá cao so với các bến xe khác. Ví dụ, tuyến Cần Thơ - Sài Gòn thu 313.000 đồng/xe, trong khi Bến xe Miền Tây (TP.HCM) là bến loại 1 chỉ thu 164.000/xe; tuyến Rạch Giá - Cần Thơ thu 252.000 đồng/xe, trong khi bến ở Kiên Giang chỉ thu 108.000 đồng/xe.
Đại diện bến xe đã giải thích giá xuất bến được thực hiện theo đúng quy định, nhưng ông Đinh La Thăng - Bộ trưởng Bộ GTVT cho rằng cách giải thích chưa làm rõ được vấn đề. Bộ trưởng Bộ GTVT đã yêu cầu Thanh tra Bộ GTVT tiến hành thanh kiểm tra cách tính giá của Bến xe Cần Thơ. Kết quả báo cáo Bộ trưởng trong tháng 7.