Trung tâm có các hệ thống nội soi hoàn chỉnh, hiện đại bao gồm: Nội soi dạ dày thường và đường mũi, nội soi đại tràng thường và phóng đại độ phân giải cao HD, đa giải tần hẹp FICE có khả năng phát hiện các tổn thương tiền ung thư và ung thư sớm, nội soi siêu âm, nội soi ruột non bóng kép, nội soi mật tụy ngược dòng.
Phía Nhật Bản còn tài trợ cho 3 bác sĩ chuyên khoa Nội tiêu hóa và 1 bác sĩ chuyên khoa Giải phẫu bệnh lý sang đào tạo tại Trường Đại học Nagoya trong thời gian 2 tháng.