Vào thời điểm trên, một người đàn ông khoảng 35 - 40 tuổi (chưa rõ danh tính) điều khiển xe máy mang BKS 37H1 - 014.78 đang đi từ trại cá giống Yên Lý ra quốc lộ 1A. Đúng lúc này tàu chở hàng Đổi Mới mang số hiệu D19E 905 lưu thông theo hướng TP.HCM - Hà Nội lao đến tông trực diện vào chiếc xe máy nói trên.
Một số người dân chứng kiến vụ tai nạn cho biết: Chiếc xe máy và người điều khiển mắc kẹt dưới bánh tàu và bị chiếc tàu này kéo lê rất dài.
Tại hiện trường chiếc xe máy bị tàu hỏa cán nát bét, người đàn ông điều khiển xe máy chết ngay tại chỗ với nhiều phần trên cơ thể bị mất, biến dạng. Hàng trăm người dân hiếu kỳ dừng lại xem khiến giao thông qua đây trở nên hỗn loạn.
Ngay sau khi nhận được tin báo lực lượng chức năng đã lập tức có mặt tại hiện trường tiến hành điều tiết giao thông, đồng thời điều tra nguyên nhân vụ tai nạn.