Theo đại diện của bộ, nếu trước đây thẩm quyền quyết định vận hành hồ chứa trong mùa lũ là chủ hồ thì nay chia thành hai nhóm. Theo đó, trong điều kiện thời tiết bình thường chủ hồ được quyền quyết định vận hành hồ. Còn trưởng ban chỉ huy phòng chống lụt bão và tìm kiếm cứu nạn sẽ quyết định việc vận hành hồ chứa khi dự báo có khả năng xuất hiện các tình huống thời tiết có khả năng gây mưa lũ.
Nhiều đại biểu lo lắng quy trình vận hành hồ chứa mới có thể sẽ làm chậm việc ứng phó trong những trường hợp khẩn cấp. Ông Nguyễn Đăng Hà- Phó Giám đốc Công ty Phát triển Thủy điện Sê San cho rằng: Với thẩm quyền quyết định vận hành hồ chứa không còn của riêng chủ hồ và việc cung cấp thông tin mưa lũ có thay đổi thì cần phải thiết lập một quy chế “ra lệnh” cũng như một cơ chế phối hợp; làm sao để “lệnh” và những thông tin thời tiết đảm bảo đến với chủ hồ một cách nhanh chóng nhất, đặc biệt là trong các trường hợp khẩn cấp.