Trước đó, Viện KSND Tối cao đã có kháng nghị giám đốc thẩm số 30 ngày 24.10.2014 đối với bản án hình sự sơ thẩm số 96 ngày 31.8.2000 của TAND tỉnh Bình Thuận.
Trong kháng nghị, Viện KSND Tối cao đề nghị TAND Tối cao xét xử vụ án theo thủ tục giám đốc thẩm, hủy phần tội danh và hình phạt của bản án hình sự sơ thẩm về tội “giết người”, “cướp tài sản” đối với Huỳnh Văn Nén; giao hồ sơ về cấp sơ thẩm để điều tra lại theo thủ tục chung. Theo Viện KSND Tối cao, đây là vụ án không quả tang, quá trình điều tra, xét xử về tội “giết người” và “cướp tài sản” đã có nhiều thiếu sót, vi phạm. Cụ thể, trong việc thu thập vật chứng, khám nghiệm hiện trường, cơ quan điều tra không thu giữ được số vật chứng như: Sợi dây dù Nén khai dùng để siết cổ nạn nhân (bà Lê Thị Bông), ổ khóa nhà bà Bông và 1 chỉ vàng 24K của bà Bông. Các sợi dây thu giữ trong quá trình điều tra không liên quan đến sợi dây Nén dùng để siết cổ bà Bông.
Viện KSND Tối cao nhận thấy các lời khai nhận tội ban đầu của Nén không phù hợp với hiện trường và biên bản khám nghiệm tử thi. Các lời khai nhận tội sau mâu thuẫn với nhau, mâu thuẫn với lời khai của chị Phạm Thị Hồng (con bà Bông) và một số nhân chứng. Điển hình là cách thực hiện hành vi giết bà Bông. Ban đầu, Nén khai dùng tay bóp cổ, lời khai sau Nén nói vòng dây từ phía sau siết cổ, có lời khai lại bảo vòng dây qua cổ bà Bông rồi giật mạnh làm bà ngã ngửa, sau đó mới dùng dây siết. Vị trí giết bà Bông cũng không đồng nhất khi nhiều lời khai Nén nói giết bà ở nhà dưới nhưng lời khai ban đầu lại nói ở nhà trên. Bị cáo khai sau khi gây án không tắt đèn nhà bà Bông nhưng chị Hồng khai khi về nhà thấy đèn tắt nên mới bật. Bị cáo khai không lục lọi đồ vật trong nhà bà Bông nhưng khi chị Hồng về thì thấy trong nhà có sự xáo trộn ở một số vị trí. Về diễn biến hành vi phạm tội, bản án sơ thẩm mô tả khi Nén vào bếp thì thấy bà Bông đang ngủ trên giường nhà dưới, trong khi cáo trạng thể hiện lúc Nén vào nhà thì bà Bông đang giũ giường ngủ...
Kháng nghị của Viện KSND Tối cao nhận định những tình tiết này cho thấy tòa án cấp sơ thẩm kết án Huỳnh Văn Nén tội “giết người” và “cướp tài sản” là chưa đủ căn cứ vững chắc. Ngoài ra, hồ sơ vụ án thể hiện Viện KSND tỉnh Bình Thuận đã thay thế Cáo trạng số 84/KSĐT-TA ngày 27.7.2000 bằng Cáo trạng số 84/KSĐT-TA ngày 16.8.2000 nhưng bản án hình sự sơ thẩm số 96/HSST ngày 31.8.2000 của TAND tỉnh Bình Thuận lại căn cứ vào Cáo trạng số 84 ngày 27.7.2000 để xét xử. Cáo trạng này không có trong hồ sơ nên việc xét xử như vậy là vi phạm nghiêm trọng thủ tục tố tụng.