Đây cũng là một trong những tiêu chí khó thực hiện nhất và đang là vấn đề bức xúc ở nông thôn. Mặc dù thời gian qua đã có 40% số thôn, xã thành lập tổ thu gom rác, nhưng chủ yếu vẫn là gom rác vào một nơi để chôn lấp hoặc đốt bằng dầu. Các chất thải từ sinh hoạt, bao bì thuốc BVTV, phế phẩm nông nghiệp trên đồng ruộng; nước thải sinh hoạt, chăn nuôi; nước thải công nghiệp... ít được xử lý.
Văn phòng điều phối T.Ư cũng cho biết, hiện nay chưa có cuộc điều tra đánh giá thực trạng về vấn đề này, song các địa phương đều mong muốn có chính sách về môi trường nông thôn, tạo điều kiện cho các địa phương xử lý vấn đề này cũng như để đảm bảo công bằng giữa thành thị và nông thôn.