Ông Hoàn bị truy tố về tội Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng theo khoản 2 Điều 285 Bộ luật Hình sự (hình phạt từ 3 năm đến 12 năm tù).
Cáo trạng cũng truy tố 5 cựu sĩ quan công an khác cùng tội dùng nhục hình theo khoản 3 Điều 298 Bộ luật Hình sự (hình phạt từ 5 năm đến 12 năm tù) gồm: Nguyễn Minh Quyền (nguyên thiếu tá, Đội phó Đội trinh sát Phòng Cảnh sát điều tra tội phạm về trật tự xã hội - PC45 Công an tỉnh), Nguyễn Tấn Quang (nguyên thiếu tá), Phạm Ngọc Mẫn (nguyên thượng úy), Đỗ Như Huy (nguyên trung úy) và Nguyễn Thân Thảo Thành (nguyên thiếu úy, đều nguyên cán bộ Công an TP.Tuy Hòa).
VKSND Tối cao truy tố ra trước TAND tỉnh Phú Yên để xét xử các bị can trên, đồng thời ủy quyền cho VKSND tỉnh phân công kiểm sát viên thực hành quyền công tố và kiểm sát xét xử sơ thẩm vụ án này.
Cáo trạng kết luận bị can Lê Đức Hoàn là Phó Công an TP.Tuy Hòa, Phó thủ trưởng Cơ quan điều tra, Trưởng ban chuyên án 312T, có trách nhiệm chỉ đạo toàn bộ hoạt động của ban chuyên án. Tuy nhiên, ông Hoàn đã không thực hiện đầy đủ quy định, thiếu kiểm tra, sâu sát trong quá trình các điều tra viên, cán bộ cấp dưới làm việc với anh Ngô Thanh Kiều, để xảy ra việc dùng nhục hình làm anh Kiều chết, gây hậu quả đặc biệt nghiêm trọng.
VKSND Tối cao nhận định việc một số cán bộ công an bắt giữ, dẫn giải anh Kiều khi không có lệnh của cơ quan thẩm quyền là có dấu hiệu của tội bắt giữ người trái pháp luật. Tuy nhiên, do tính cấp thiết cần đấu tranh, khai thác của chuyên án và tại thời điểm đó có căn cứ xác định Kiều là đồng phạm trong vụ trộm cắp tài sản. Do đó, VKSND Tối cao cho rằng việc bắt giữ Kiều là cần thiết, chỉ vi phạm về tố tụng.
Trước đó, tại phiên tòa sơ thẩm, TAND TP.Tuy Hòa tuyên phạt bị cáo Thành 5 năm tù, Quyền 2 năm tù, Mẫn 18 tháng tù, Quang 15 tháng tù treo, Huy 12 tháng tù treo cùng tội dùng nhục hình. Trong đó, Thành bị VKSND TP.Tuy Hòa truy tố khoản 3 Điều 298 Bộ luật Hình sự, các bị cáo còn lại bị truy tố theo khoản 1 điều này. Bản án này sau đó bị hủy. Khi điều tra lại, ông Hoàn mới bị khởi tố.