Động cơ Ducati 1199 Panigale nhìn trực diện giống hệt của 899 Panigale.
Động cơ Ducati 899 Panigale là loại V-Twin góc nghiêng 90 độ, một bản sao hoàn hảo cho động cơ 1199 Panigale từ kích thước bên ngoài đến trọng lượng.
Các-te giữa 899 và 1199 là hoàn toàn có thể hoán đổi cho nhau. Cấu trúc vững chắc mang tới độ ổn định cho động cơ.
Đường kính xi-lanh của 899 là 100 mm, giảm 12 mm so với 1199. Cấu trúc giống hệt nhau. Vì có đường kính bên trong nhỏ hơn nên 899 có ba vành vững chắc chống lại đường kính không thay đổi của vỏ xi-lanh bên ngoài. Vòng đệm cao su silicon đặc biệt O-ring chống rò rỉ nơi tiếp xúc với áo nước (khoang chứa nước làm mát cho xi-lanh). Cũng bởi chia sẻ chung cấu trúc với 1199 mà xi-lanh của 899 bao quanh bởi một lượng lớn chất lỏng làm mát trong đó bơm nước và tốc độ dòng chảy bằng với 1199. Điều này có nghĩa là khả năng làm mát ở 899 sẽ tốt hơn, duy trì máy ở nhiệt độ thấp hơn.
Xi-lanh của 1199, đường kính 112 mm, cũng có 3 vòng đệm cao su silicon O-ring như của 899, một trên đỉnh và 2 ở giữa.
Piston của 899 thường là dạng có 3 vòng, hơi vòm theo tiêu chuẩn của Ducati cho tỷ lệ nén tương đối vừa phải ở mức 12.5:1. Trọng lượng 486 gam.
Piston của 1199 cũng có 3 vòng, được thiết kế "vuông" hơn (112 mm x 60,8 mm so với 100 mm x 57,2 mm) nên phần vòm trên đỉnh cũng cao hơn để đảm bảo tỷ lệ nén 12.5:1 tiêu chuẩn. Piston của 1199 chỉ nặng 623 gam.
Đầu xi-lanh đúc nguyên khối không có gì khác nhau khi nhìn từ ngoài, vị trí của trục cam desmo cũng giống. Tuy nhiên, các van của 899 nhỏ hơn về đường kính. Van nạp là 41,8 mm, xả là 34 mm. Trên 1199, con số tương đương là 46,8 mm và 38,2 mm. Để sắp xếp chính xác vị trí các van xung quanh vị trí đánh lửa trung tâm, chúng được làm nghiêng từ bên trong. Góc nghiêng tăng từ 23 độ trên 1199 sang 24,6 độ trên 899. Tất cả các van của 899 đều bằng thép, van hút trọng lượng 68 gam, van xả 57 gam.
1199 sử dụng van nạp bằng titan trọng lượng 49 gam, van xả bằng thép trọng lượng 67 gam.
Con át chủ bài trong động cơ 899 Panigale nằm ở những thanh truyền bằng thép. Cả hai động cơ có chiều dài khối xi-lanh là như nhau, nhưng hành trình ngắn hơn của 899 (57,2 mm so với 60,8 mm) có nghĩa là chiều dài thanh truyền tăng lên, từ 110,1mm của 1199 lên 114,25 mm. Tức tỷ lệ khoảng 2:1 giữa thanh truyền và hành trình, giúp giảm rung, cho hiệu quả cao và ít áp lực cơ khí lên các công cụ. Thanh truyền của 899 nặng 462 gam.
Mặc dù ngắn hơn ở 110,1 mm, nhưng thanh truyền của 1199 Panigale nặng hơn với 623 gam. Trọng lượng lớn hơn là cần thiết để chịu tải trọng cao do piston nặng hơn và áp lực lớn hơn của buồng đốt.
899 Panigale có bạc lót và cổ trục thanh truyền cùng kích thước với 1199 là 50 mm và 45 mm. Trục khuỷu của 899 thậm chí còn cứng và ổn định hơn nhờ bán kính khuỷu nhỏ hơn (28,6 mm với 30,4 mm). Trục khuỷu của 899 nặng 4.470 gam.
Còn trục khuỷu của 1199 trọng lượng là 5.160 mm.