Liên quan tới vụ việc Thứ trưởng Nguyễn Hồng Trường bị một doanh nghiệp tố cáo có "bút phê" vào văn bản sai quy định, Bộ trưởng Bộ GTVT Đinh La Thăng thông tin: Về quy trình xử lý văn bản của Bộ GTVT, chúng tôi có quy chế, quy định cụ thể về văn bản, giấy tờ đến và đi, văn bản sẽ được Văn phòng Bộ phân loại, sau đó, theo phân công của lãnh đạo Bộ, thuộc lĩnh vực của Thứ trưởng nào sẽ chuyển luôn. Những lĩnh vực chung thì Bộ trưởng xử lý. "Các văn bản của doanh nghiệp gửi đến bộ thì phải có bút phê của lãnh đạo bộ để giao nhiệm vụ cho các phòng ban chức năng, đây là việc làm bình thường như các bộ ngành khác. Văn bản của bộ từ năm 2014 cũng ghi rõ: Bút phê của lãnh đạo bộ chỉ là thông tin, không là căn cứ ưu tiên chọn thầu, xét thầu...", Bộ trưởng Thăng khẳng định.
"Việc Thứ trưởng Trường "bút phê" vào văn bản của doanh nghiệp là đúng quy định và thẩm quyền. Căn cứ vào báo cáo của Thứ trưởng Trường, chúng tôi đã đề nghị Tổng cục Cảnh sát - Bộ Công an xem xét điều tra xử lý theo đúng quy định của pháp luật", Bộ trưởng cho biết.