Một trong những vấn đề lớn trong dự thảo luật còn có nhiều ý kiến khác nhau đó là quyền của người bị bắt, bị tạm giữ, bị can, bị cáo. Theo quy định của Bộ luật TTHS hiện hành, việc khai hoặc không khai và khai báo như thế nào được coi là quyền mà không phải là nghĩa vụ của người bị bắt, bị tạm giữ, bị can, bị cáo. Do đó họ có thể thực hiện hoặc không thực hiện quyền này. Nhưng cũng có ý kiến yêu cầu quy định cụ thể hơn vì đây là một trong những quyền quan trọng của người bị buộc tội.
Phó Chánh án TAND Tối cao Nguyễn Sơn cho rằng, quyền khai hoặc không khai cần quy định chặt chẽ hơn quy định hiện hành, vì trách nhiệm chứng minh tội phạm là của cơ quan tố tụng, không phải trách nhiệm của bị can, bị cáo. Chủ tịch Liên đoàn Luật sư Việt Nam Lê Thúc Anh đề nghị quy định bị can có quyền không khai báo khi thấy bất lợi cho mình…
Về quy định cấp giấy chứng nhận bào chữa, theo ông Lê Thúc Anh nên bỏ giấy chứng nhận bào chữa, thay vào đó là đăng ký bào chữa. "Luật sư được chủ động trưng cầu giám định, không phải xin phép. Khi hỏi cung bị can, luật sư được chủ động hỏi, chứ luật sư không thể chỉ ngồi nghe, chứng kiến, được phép hỏi mới được hỏi" - ông Lê Thúc Anh nói.
Về việc ghi âm, ghi hình trong hoạt động hỏi cung, dự thảo luật theo hướng đổi mới, nghĩa là quy định bắt buộc phải có ghi âm, ghi hình để tránh việc bức cung, nhục hình, mớn cung. Nhóm nghiên cứu cho rằng, quy định bắt buộc trong mọi trường hợp là không khả thi. Nhưng để chống bức cung, nhục hình cần quy định chặt theo hướng: Trong mọi trường hợp hỏi cung, bị can phải lập biên bản và mọi biên bản hỏi cung đều phải được đưa vào hồ sơ vụ án. Trong trường hợp cần thiết có thể ghi âm, ghi hình như trường hợp bị can kêu oan, bị can kêu oan ngay từ đầu, bị can bị xác định phạm vào tội có khung hình phạt chung thân hoặc tử hình.
Theo Thượng tướng Lê Quý Vương, trong hoạt động tố tụng, xu hướng ghi âm ghi hình là cần thiết, nhưng chưa thể làm ngay được. Tính về cơ quan điều tra, riêng cấp huyện trong cả nước đã có 700-800 cơ quan, nếu trang bị đủ phương tiện ghi âm ghi hình thì rất khó.