Về việc khám nghiệm hiện trường nơi anh Cường được cho là đã bị 5 người đưa lên, sau đó đổ thuốc diệt cỏ vào mồm và cắt cổ tay, các ông Hoàng Anh Tuấn - điều tra viên chủ trì khám nghiệm, ông Nông Đỗ Hoàng Sơn - cán bộ tham gia khám nghiệm và ông Tạ Văn Thiền - kiểm sát viên tham gia khám nghiệm đều cho rằng: Sáng ngày 16.7.2012, trong quá trình khám nghiệm hiện trường chỉ phát hiện và thu giữ các mẫu nghi là máu, một số hạt cơm nguội màu xanh, túi nylon, không thu giữ lọ thuộc trừ cỏ.
Theo anh Lương Văn Kính (anh rể nạn nhân), sau khi cơ quan chức năng khám nghiệm hiện trường, anh Kính, ông Bàn Văn Đò (bố vợ anh Cường) đi cùng cán bộ Công an huyện Hàm Yên theo lối mòn (được người dân phát hiện) lên hiện trường. Tại đây mọi người đã phát hiện lọ thuốc diệt cỏ và công an đã thu giữ lọ thuốc này. Sau đó cán bộ điều tra đã báo cho kiểm sát viên, hai bên cùng thống nhất bổ sung nội dung phát hiện, thu giữ lọ thuốc diệt cỏ cháy vào biên bản khám nghiệm hiện trường lập sáng 16.7.2012.
Theo luật sư Nguyễn Quang Tiến (Đoàn luật sư Hà Nội): Vật chứng là vật được dùng làm công cụ, phương tiện phạm tội; vật mang dấu vết tội phạm. Việc thu thập và bảo quản vật chứng thu thập kịp thời, đầy đủ, được mô tả đúng thực trạng vào biên bản và đưa vào hồ sơ vụ án. Trong trường hợp vật chứng không thể đưa vào hồ sơ vụ án thì phải chụp ảnh và có thể ghi hình để đưa vào hồ sơ vụ án. Vật chứng phải được niêm phong, bảo quản. Đối với vật chứng cần được niêm phong thì phải niêm phong ngay sau khi thu thập. Việc niêm phong, mở niêm phong phải được tiến hành theo quy định của pháp luật và phải lập biên bản để đưa vào hồ sơ vụ án.
Trong kết luận điều tra bổ sung vụ án số 04 ngày 12.12.2014, Cơ quan CSĐT - Công an tỉnh Tuyên Quang cũng thừa nhận việc đưa lọ thuốc diệt cỏ cháy vào biên bản khám nghiệm hiện trường là không đúng trình tự. Thế nhưng suốt quá trình điều tra, truy tố, điều tra bổ sung, lọ thuốc này vẫn được coi là chứng cứ quan trọng trong vụ án.