Theo đó, Sở VHTTDL Hà Nội đề nghị UBND huyện Chương Mỹ chỉ đạo các phòng ban chức năng, UBND xã Tiên Phương và người trụ trì thực hiện các nội dung sau: Tháo dỡ, tổ chức di chuyển toàn bộ nhà xưởng và các cấu kiện gỗ sơ chế ra ngoài khu vực di tích chùa Trăm Gian, tổng vệ sinh sạch sẽ và đảm bảo môi trường khu vực di tích trong tháng 9.2015.
Có kế hoạch tôn tạo, chỉnh trang, bóc bỏ các kiến trúc cấy ghép, mái che, mái vẩy tại di tích; bố cục lại các hạng mục phụ trợ để đảm bảo việc phát huy giá trị di tích, rà soát các nội dung tu sửa theo hồ sơ đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt.
Bên cạnh đó, tăng cường công tác quản lý tại di tích chùa Trăm Gian, cử cán bộ chuyên môn hướng dẫn nhà chùa thực hiện nghiêm túc công tác quản lý, trông nom giữ gìn di tích, đảm bảo vệ sinh môi trường theo đúng quy định của pháp luật.
Đồng thời, Sở VHTTDL Hà Nội cũng yêu cầu việc tu sửa cấp thiết vườn tháp, mái nhà ni theo văn bản số 417/SVHTTDL-QLDT ngày 15.12.2014, báo cáo về Sở VHTTDL Hà Nội trước ngày 5.10.2015.