Theo nội dung văn bản, Sở VH&TT Hà Nội nhận lỗi thiếu giám sát chặt chẽ của Sở và chính quyền địa phương để dẫn tới quá trình triển khai thi công những hạng mục tại chùa Trăm Gian như: phần tháp có 2 tháp nhỏ tu sửa không đúng nguyên trạng; nhà ni được tôn tạo từ 5 gian thành 6 gian (thêm 1 gian so với nguyên trạng) chưa đúng với Báo cáo tu sửa cấp thiết đã được duyệt.
Xưởng gỗ bành trướng không gian của di tích chùa Trăm Gian
Sở VH&TT Hà Nội đề nghị UBND huyện Chương Mỹ khẩn trương chỉ đạo, tổ chức hội nghị xin ý kiến của các cấp quản lý di tích, các chuyên gia để đánh giá mức độ ảnh hưởng của việc tu sửa trên đối với các yếu tố gốc của di tích và đề xuất biện pháp xử lý phù hợp, khắc phục thực hiện xong trong tháng 11.2015.
Cũng theo văn bản, nhà xưởng và các các cấu kiện gỗ sơ chế, đã được di chuyển để đảm bảo cảnh quan của di tích.