Tình huống gây tranh cãi đỉnh điểm của trận đấu này xảy ra ở phút 88. Sau pha treo bóng của Đình Đồng, Omar băng xuống nhận bóng và va chạm với hậu vệ Đình Hoàng.
Tình huống thổi phạt đền gây tranh cãi của trọng tài Hà Anh Chiến.
Rất quyết đoán, trọng tài Hà Anh Chiến thổi phạt Đình Hoàng và cho đội chủ nhà FLC Thanh Hóa hưởng quả đá phạt đền bất chấp phản ứng gay gắt từ HLV Ngô Quang Trường và các cầu thủ SLNA. Với phản ứng quyết liệt này, trọng tài Hà Anh Chiến đã truất quyền chỉ đạo của HLV Ngô Quang Trường.
Điều đáng nói là băng hình quay chậm tình huống này đã chỉ rõ điểm của pha phạm lỗi này diễn ra ở ngoài vòng cấm địa
Tại buổi họp báo sau trận đấu, HLV Ngô Quang Trường bức xúc: “Các cầu thủ SLNA đã chơi tốt, đẹp và cống hiến nhưng trọng tài đã phá hỏng trận đấu này khi tự tưởng tượng ra quả penalty cho đội chủ nhà. Công sức của các cầu thủ SLNA đã bị tước đi một cách khá oan ức”.