Việc xếp nhóm hạt giống được LĐBĐ Đông Nam Á (AFF) căn cứ theo thành tích của các đội tại hai kỳ AFF Cup gần nhất. Tuy nhiên, do là nước chủ nhà nên Myanmar và Philippines được mặc định vào nhóm hạt giống số 1.
ĐT Việt Nam có thể đụng Thái Lan hoặc Malaysia ngay từ vòng bảng.
Đương kim vô địch Thái Lan và á quân Malaysia vào nhóm hạt giống số 2, trong khi Việt Nam và Singapore ở nhóm hạt giống số 3.
Tổng thư ký AFF Datuk Azzuddin Ahmad xác nhận Indonesia, đội tuyển vừa được FIFA dỡ bỏ lệnh cấm vận, sẽ ở nhóm hạt giống thứ 4 cùng với đội nhất vòng loại AFF Cup 2016.
Với các nhóm hạt giống như trên, ĐT Việt Nam sẽ phải đối đầu hoặc Malaysia hoặc Thái Lan ngay ở vòng bảng.
Và nếu Indonesia cũng rơi vào bảng đấu của Việt Nam thì thầy trò HLV Nguyễn Hữu Thắng sẽ có một kỳ AFF Cup 2016 đầy khó khăn ngay từ vòng đấu bảng.
Tại AFF Cup 2014, ĐT Việt Nam nằm cùng bảng đấu với Philippines, Indonesia và Lào.
Xếp nhóm hạt giống AFF Cup 2016:
Nhóm 1: Philippines & Myanmar
Nhóm 2: Thái Lan & Malaysia
Nhóm 3: Singapore & Việt Nam
Nhóm 4: Indonesia & Đội nhất vòng loại