Vào thời điểm phút thứ 75 của trận bán kết lượt về AFF Cup 2016 giữa Indonesia và Việt Nam (diễn ra ngày 7.12.2016), ĐT Indonesia được hưởng một quả phạt góc bên cánh phải. Ở tình huống ngay sau đó, một cầu thủ của Indonesia đã lao vào đánh đầu tranh chấp nhưng bị trọng tài thổi phạt vì phạm lỗi với thủ môn Nguyên Mạnh.
Trọng tài rút thẻ đỏ đối với Nguyên Mạnh ở trận bán kết lượt về AFF Cup 2016 giữa Việt Nam vs Indonesia.
ĐT Việt Nam được hưởng quả đá phạt lên nhưng khi thủ môn của Việt Nam chưa kịp thực hiện cú phát bóng lên, anh đã phải nhận một thẻ đỏ trực tiếp. Tấm thẻ đỏ tai hại của thủ môn Nguyên Mạnh là một phần nguyên nhân rất lớn khiến đội tuyển thất bại với mục tiêu đặt ra trước trận.
Mới đây, LĐBĐ châu Á (AFC) đã đưa ra những án phạt chính thức dành cho những hành vi diễn ra tại AFF Cup 2016, và tất nhiên, trong số đó có cả tình huống của Nguyên Mạnh. Cụ thể, thủ thành của SLNA bị AFC phạt 1.000 USD (mức phạt thông thường đối với 1 thẻ đỏ cấp độ đội tuyển của AFC) và cấm thi đấu 02 trận trong màu áo ĐTQG Việt Nam do lãnh thẻ đỏ trực tiếp. Đáng chú ý, cầu thủ này có thể thực hiện án phạt ở những trận đấu giao hữu. Với việc Nguyên Mạnh bị cấm thi đấu 2 trận, đồng thời VFF đang có kế hoạch sử dụng các cầu thủ trẻ tại vòng loại Asian Cup 2019 sắp tới (sẽ diễn ra vào cuối tháng 3), gần như chắc chắn cầu thủ này sẽ không thể góp mặt trong danh sách ĐTQG trong lần tập trung kế tiếp.
Cũng ở trong thông báo này, AFC đã có quyết định chính thức vụ ném đá xe buýt của ĐTQG Indonesia, với tổng cộng 38.000 USD. Mặc dù trước đó chính AFC đã ra thông báo tới VFF về án phạt nhưng đến thời điểm này, quyết định mới được đưa ra. Theo quan chức của VFF thì họ sẽ thực hiện án phạt ngay lập tức.