Ngay sau lễ đón chính thức vào sáng 14.9, Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng và Tổng thống Susilo Bambang Yudhoyono đã có cuộc gặp xã giao và tiến hành hội đàm.
Tại cuộc hội đàm, hai nhà lãnh đạo nhất trí cho rằng hai nước có nhiều tiềm năng để phát triển quan hệ, nhiều thế mạnh có thể bổ sung cho nhau và chỉ đạo Chính phủ hai nước đưa quan hệ Việt Nam - Indonesia lên một tầm cao mới, hướng tới quan hệ đối tác chiến lược, vì lợi ích của nhân dân hai nước, vì hoà bình, ổn định, hợp tác, phát triển và phồn vinh ở khu vực và trên thế giới.
Hai bên nhất trí cần tiếp tục hợp tác chặt chẽ hơn nữa trong các lĩnh vực chính trị, an ninh - quốc phòng, kinh tế -thương mại - đầu tư, nông - ngư nghiệp, văn hóa, giáo dục - đào tạo, thể dục - thể thao…
Về hợp tác kinh tế, khoa học và kỹ thuật, Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng đề nghị hai bên sớm tổ chức Kỳ họp lần thứ 6 của Uỷ ban này, hoan nghênh đề xuất của Indonesia về việc thành lập cơ chế Uỷ ban Hỗn hợp về Hợp tác song phương cấp Bộ trưởng Ngoại giao. Hai nhà lãnh đạo nhất trí tiếp tục hợp tác tăng cường các hoạt động xúc tiến thương mại-đầu tư, khuyến khích hợp tác trong lĩnh vực tư nhân.
Hai bên đánh giá cao sự phối hợp và hợp tác chặt chẽ giữa hai nước tại các diễn đàn quốc tế và khu vực. Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng một lần nữa khẳng định Việt Nam sẽ hết sức ủng hộ Indonesia hoàn thành nhiệm kỳ Chủ tịch ASEAN năm 2011, góp phần thúc đẩy liên kết nội khối và tiến tới xây dựng Cộng đồng ASEAN vào năm 2015.
Sau hội đàm, Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng và Tổng thống Susilo Bambang Yudhoyono đã chứng kiến lễ ký Chương trình Hành động Việt Nam-Indonesia giai đoạn 2012-2015 và Bản Ghi nhớ về các Hoạt động chung tăng cường trao đổi thông tin và tham khảo song phương giữa hai Bộ Ngoại giao.