Theo thông báo kết quả kiểm tra của UB Kiểm tra Tỉnh uỷ Thanh Hóa, trong quá trình công tác từ thời điểm làm hợp đồng lao động tại Liên đoàn Lao động tỉnh (năm 2010) đến khi thôi việc tại Sở Xây dựng (ngày 23.9.2016) chưa phát hiện được bà Trần Vũ Quỳnh Anh có hành vi tham nhũng.
Đến thời điểm Thanh tra tỉnh tiến hành thanh tra tại Sở Xây dựng, bà Trần Vũ Quỳnh Anh không còn là cán bộ, công chức, vì vậy chưa đủ cơ sở để kiểm tra, xác minh tài sản.
Bà Quỳnh Anh thuộc đối tượng phải kê khai tài sản nhưng không kê khai trong sơ yếu lý lịch (mẫu 2C/TCTW-98), phiếu đảng viên, không kê khai định kỳ hàng năm; không kê khai bổ sung khi được bổ nhiệm phó trưởng phòng, trưởng phòng và trong hồ sơ nhân sự Đại hội Đảng bộ Sở, vi phạm các quy định về kê khai tài sản của Đảng và Nhà nước.
UB Kiểm tra Tỉnh uỷ Thanh Hoá đã chỉ ra nhiều vi phạm trong công tác bổ nhiệm, quy hoạch chức danh tại Sở Xây dựng.
Đoàn kiểm tra của UB Kiểm tra Tỉnh ủy đã nhiều lần mời bà đến làm việc để giải trình nhưng đều không có mặt nên không có cơ sở để xem xét tài sản của bà.
Theo kết luận của UB Kiểm tra, đến thời điểm 31.12.2015, Sở Xây dựng có nhiều sai phạm trong công tác bổ nhiệm: Bổ nhiệm thừa 6 phó trưởng phòng chuyên môn, bổ nhiệm 45 trường hợp chưa đủ tiêu chuẩn, trong đó có bà Quỳnh Anh.
Tiếp đó, Sở quyết định cho bà Quỳnh Anh thôi việc nhưng không báo cáo Sở Nội vụ, không công khai đến cán bộ, công chức trong cơ quan và bàn giao hồ sơ công chức (hồ sơ gốc) cho bà Quỳnh Anh khi thôi việc. Như vậy là trái với quy định.
Về việc này, trách nhiệm thuộc Giám đốc, Phó giám đốc, Chánh văn phòng Sở Xây dựng phụ trách công tác tổ chức cán bộ giai đoạn 2010 - 2015 mà đứng đầu là ông Ngô Văn Tuấn, nguyên Giám đốc Sở Xây dựng, hiện là Phó chủ tịch UBND tỉnh Thanh Hóa.
Về việc cử bà Trần Vũ Quỳnh Anh đi học cao cấp lý luận chính trị, trong quá trình xem xét, Ban Tổ chức Tỉnh ủy chưa đánh giá, xem xét toàn diện hồ sơ, nhất là quá trình công tác, năng lực thực tiễn nên đã không phát hiện được những sai sót, vi phạm trong việc bổ nhiệm chức vụ phó trưởng phòng, trưởng phòng, bổ sung vào quy hoạch chức danh phó giám đốc Sở, tạo điều kiện để bà Quỳnh Anh thuộc đối tượng được cử đi học.
Trách nhiệm trên thuộc về lãnh đạo Ban Tổ chức Tỉnh ủy, giai đoạn 2010 - 2015.
Kết luận của UB Kiểm tra cũng nêu rõ việc bổ sung quy hoạch bà Trần Vũ Quỳnh Anh vào chức danh Phó giám đốc Sở Xây dựng.
Theo đó, ngày 9.7.2014, lãnh đạo Ban Tổ chức Tỉnh uỷ họp, thống nhất danh sách rà soát, bổ sung quy hoạch chức danh lãnh đạo các ban, sở, ngành, cơ quan cấp tỉnh và các huyện, thị xã, thành phố, giai đoạn 2015 - 2020 để gửi xin ý kiến ủy viên Ban Thường vụ Tỉnh ủy.
Ngày 29.10.2014, Ban Thường vụ Tỉnh ủy ban hành Quyết định số 1661-QĐ/TU phê duyệt quy hoạch cán bộ lãnh đạo trong đó có bà Quỳnh Anh được quy hoạch Phó giám đốc sở phụ trách lĩnh vực quản lý hoạt động xây dựng là chưa phù hợp.