Ngoài việc di chuyển, quản lý VĐV khó khăn do SEA Games tổ chức ở hai địa điểm cách nhau khá xa, điều kiện ăn ở tại Indonesia cũng rất “mệt đầu”. Tại thủ đô Jakarta không có làng VĐV nên các đội tuyển phải ăn ở tại khách sạn. Còn ở TP.Palembang, làng VĐV chỉ đủ chỗ cho 12/17 đội tuyển của Đoàn thể thao VN. chính minh.
C.M