Chi cục được thành lập trên cơ sở tách bộ phận quản lý nhà nước về Biển và Hải đảo của Phòng Biển – Đảo và Tài nguyên nước thuộc Sở Tài nguyên – Môi trường.
Chi cục có trụ sở đặt tại TP. Quy Nhơn, có tư cách pháp nhân, con dấu và tài khoản riêng. Chi cục chịu sự chỉ đạo, quản lý trực tiếp và toàn diện của Giám đốc Sở TNMT tỉnh.
Phi Hùng