Gây thù chuốc oán
Bấy giờ năm Tân Sửu 1781 có quan Chưởng cơ là Tống Phúc Thiêm mật tâu với vua xin trừ bỏ hắn là tên giặc ở cạnh vua để tránh di họa về sau. Vua cho là phải bèn ưng thuận. Để trừ viên tướng họ Đỗ, chúa Nguyễn giả vờ bị bệnh, rồi sai triệu Đỗ Thanh Nhơn vào cung bàn việc. Nhân đó sai võ sĩ bắt và giết đi.
Tìm mộ danh tướng Đỗ Thanh Nhơn.
Viên mãnh tướng không chết nơi sa trường mà chết ngay trong cung vị chúa mà mình phụng sự. Đỗ Thanh Nhơn chính là viên tướng đầu tiên của Gia Định tam hùng chết sớm nhất.
Ngày Nhơn lìa đời nhằm 23 tháng 3 năm 1781. Cái chết của họ Đỗ được Sử ký Đại Nam Việt chép có phần khác với liệt truyện khi thuật rằng, Nguyễn Ánh giả đau bụng, Nhơn cho người gửi thuốc vào hầu chúa uống, Nguyễn Ánh giả uống và lấy tiếng càng uống càng đau lệnh cho Nhơn vào có việc cần kíp phải nói. Nhơn tưởng vua sắp chết không hồ nghi gì nên vào ngay. Bọn võ sĩ mai phục sẵn lập tức đâm chết Nhơn.
Về sau, toán quân Đông Sơn của ông quay lại chống chúa Nguyễn. Võ Nhân, anh Võ Tánh sau bị chúa Nguyễn bắt giết nhưng Võ Tánh về sau vẫn về với Nguyễn Ánh và trở thành một trong Gia Định tam hùng. Riêng Tống Phúc Thiêm bị quân Đông Sơn đón bắt được và giết để rửa hận cho chủ.
Sách “Hoàng Việt Long hưng chí” chép: Tống Phước Thiêm nói: Thanh Nhơn ôm lòng Tào Tháo, Vương Mãng, không thể không trừ hắn đi. Nếu chúa thượng cho dùng mưu, thì chỉ cần sức một vũ khí là đủ. Thế Tổ Nguyễn Phúc Ánh bèn lấy cớ bị mệt cho gọi Thanh Nhơn vào dinh bàn công việc. Đỗ Thanh Nhơn đến, liền bị vệ sĩ bắt giết. Lại truyền phân tán quân Đông Sơn làm bốn đội để phòng bọn chúng làm phản.
Sách ‘”Tự Điển Nhân vật lịch sử Việt Nam” ghi: Tính ông cương trực, khí khái nên bị ganh ghét. Nhân vụ ông giết tri huyện Đặng Hữu Tâm, chưởng cơ Huỳnh Thiên Lộc gièm với Nguyễn Phúc Ánh rằng, ông lộng quyền sau này sẽ khó trị.
Thuộc hạ ông là Võ Nhàn và Đỗ Bảng chôn cất ông xong, rút quân Đông Sơn về đất cũ Ba Giồng, không phục Nguyễn Ánh nữa, bắt được Huỳnh Thiên Lộc giết đi để trả thù cho chủ tướng.
Chết vì lập nhiều công lớn?
Việt sử tân biên chép: Trong khi Đỗ Thanh Nhơn lập nhiều công lớn, thì chúa Nguyễn Ánh đã nghe lời gièm pha đem giết đi…Rồi sử sách (Gia Định thông giám) của triều Nguyễn đã cố bào chữa cho họ Nguyễn về cái chết này: họ bảo Đỗ Thanh Nhơn đã quá cậy công, đã có ý thông đồng với Tây Sơn để làm phản, không tuân theo nghi lễ của triều đình, tự chuyên mọi việc…
Sử của người Âu Châu cho rằng cái tội của họ Đỗ chỉ là do làm được nhiều công lớn, uy thế lừng lẫy hầu làm lu mờ cả địa vị ông chúa trẻ tuổi Nguyễn Ánh. Trước vụ này Giám mục Bá Đa Lộc đã hết lời can ngăn chúa Nguyễn mà không xong…
Nguyễn Liên Phong tác giả Nam Kỳ Phong Tục Nhân Vật Diễn Ca (1909), có thơ vịnh Đỗ Thanh Nhơn như sau:
Cờ nghĩa Đông Sơn nổi tợ phao
Tấm kình Nam hải sóng đang xao
Thời may gặp chúa trang trần thánh
Vận rủi xui tôi thói Mãng Tào
Mấy thứ công lao trôi bích thủy,
Ba hùng danh tướng nhẹ hồng mao.
Suối vàng như gặp Châu hùng võ
Hồn luống ăn năn biết tại sao.
Mộ phần của Thanh Nhơn theo nhà nghiên cứu Huỳnh Minh, toạ lạc trên gò đất cao xây bằng ô dước ở đất Phú Lâm, thành phố Hồ Chí Minh ngày nay. Trên mộ còn lại dòng chữ ghi: “Đỗ Phủ quân thần mộ, Tuế thứ, Trọng hạ, hiếu tử Hồng Nhơn lập thạch”…