Vấn theo ông là "họ kiện quyết định truy thu thuế của cơ quan thuế chứ không phải của Kiểm toán Nhà nước hay Thanh tra Chính phủ".
Ông lấy ví dụ về một loạt cuộc kiểm toán thời gian gần đây như Sabeco, Habeco và Unilever. Đặc biệt, trong vụ truy thu Unilever, Bộ trưởng cho biết, Kiểm toán Nhà nước đã đưa ra số liệu ban đầu là hơn 870 tỷ đồng, lần 2 là hơn 500 tỷ đồng, lần 3 hơn 300 tỷ đồng.
Bởi vậy, theo Bộ trưởng, nếu cơ quan thuế truy thu hơn 870 tỷ đồng như lần đầu Kiểm toán Nhà nước nêu lên thì sẽ bị kiện.
Vụ truy thu thuế Unilever đã làm nóng nghị trường 24/5.
Phát biểu ngay sau đó, Tổng Kiểm toán Nhà nước Hồ Đức Phớc giải thích, trong vụ Unilever, ban đầu, Thanh tra Cục Thuế Thành phố Hồ Chí Minh đã thanh tra và kiến nghị truy thu 383 tỷ đồng. Unilever đã chấp nhận nộp số tiền này.
Tuy nhiên, khi Kiểm toán Nhà nước vào cuộc kiểm tra lại thì phát hiện phải truy thu 882 tỷ đồng. Kiểm toán Nhà nước đã yêu cầu đoàn thanh tra của Cục Thuế Thành phố Hồ Chí Minh giải trình tại sao thu 383 tỷ đồng.
Đoàn thanh tra sau đó đã thừa nhận, do thời điểm cuối năm, đoàn căn cứ vào số liệu doanh nghiệp tự tính toán. Đoàn thanh tra cũng chưa kiểm tra, rà soát các hồ sơ tài liệu liên quan. Bởi vậy, ông Phớc khẳng định "thanh tra thuế làm không đúng"
Tuy vậy, ông Phớc cũng nói thêm, sau 8 tháng, Unilever có khiếu nại và cung cấp thêm hồ sơ mở rộng. Nếu căn cứ vào các tài liệu này, thì số truy thu là 575 tỷ đồng. Tuy nhiên, theo ông, đây là những hồ sơ chưa giám định.
Tiếp đó, Phó Tổng giám đốc Uinlever đã đến làm việc và chấp nhận nộp 384 tỷ đồng đồng thời đề nghị không tính chậm nộp. Kiểm toán Nhà nước đã bàn với Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế tạm chấp nhận số này, còn lại hồ sơ giải trình phải bổ sung sau.
Theo ông, khi kiểm tra một hồ sơ nộp thuế nào đó, cơ quan thuế cũng phải cử cán bộ phối hợp, giải trình với cơ quan kiểm toán. Bởi vậy, việc người nộp thuế nếu không đồng ý và kiện quyết định của thuế theo ông là đúng.
Cơ quan thuế khó thu thuế những cá nhân, tổ chức có thu nhập cao từ các nhà mạng nước ngoài do khó kiểm soát thông tin.