Giai đoạn trước đại hội Hội NDVN (1979-1987)
Ngày 25/6/1977, Ban Bí thư T.Ư Đảng ra Thông báo số 16-TB/TW về việc thành lập Ban trù bị Đại hội đại biểu nông dân tập thể T.Ư. Ngày 25/6/1979, Ban Bí thư T.Ư Đảng quyết định tách Ban trù bị Đại hội đại biểu nông dân tập thể T.Ư (nằm trong Ban Nông nghiệp T.Ư) thành một cơ quan thuộc hệ thống các đoàn thể quần chúng và dưới sự chỉ đạo trực tiếp của Ban Bí thư.
Ngày 27/9/1979, Ban Bí thư ra Chỉ thị số 78-CT/TW về việc tổ chức Hội Liên hiệp Nông dân tập thể Việt Nam. Để phát triển sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp và đoàn kết nông dân lao động, đưa người dân nước ta tiến lên, Bộ Chính trị đã quyết định thành lập tổ chức thống nhất của nông dân lao động cả nước, có hệ thống từ T.Ư đến cơ sở, lấy tên là Hội Liên hiệp Nông dân tập thể Việt Nam.
Trong 42 năm thành lập và phấn đấu trưởng thành, từ chi bộ rồi trở thành Đảng bộ, từ 12 đảng viên đến nay Đảng bộ đã có 290 đảng viên sinh hoạt tại 2 đảng bộ bộ phận và 14 chi bộ trực thuộc. Đảng bộ nhiều năm liền được Đảng ủy Khối các cơ quan T.Ư công nhận là Đảng bộ trong sạch, vững mạnh và tặng bằng khen cho Đảng bộ...
Ngày 10/12/1979, Thành ủy Hà Nội có Quyết định số 1117-QĐ/TU thành lập chi bộ Hội Liên hiệp Nông dân tập thể, thuộc Quận ủy Ba Đình. Ngày 23/1/1980, Chi bộ Hội Liên hiệp Nông dân tập thể tiến hành đại hội lần thứ nhất với 12 đảng viên (có 3 nữ) bầu ra Chi ủy gồm có 3 đồng chí, đồng chí Vũ Quang Trấn được bầu là Bí thư.
Ngày 31/3/1983, Chi bộ Liên hiệp Nông dân tập thể tiến hành đại hội lần thứ II với 12 đảng viên (2 nữ), bầu Chi ủy gồm 3 đồng chí, đồng chí Vũ Lai Chi làm Bí thư.
Ngày 27/3/1986, Chi bộ đại hội lần thứ III với 35 đảng viên (5 nữ), đại hội bầu Chi ủy gồm 5 đồng chí và bầu đồng chí Nguyễn Bá Hùng làm Bí thư, đồng chí Bùi Đăng Ngoạn làm Phó Bí thư, sau một thời gian đồng chí Hùng nghỉ, đồng chí Ngoạn làm Bí thư. Sau đó Chi bộ Hội liên hiệp Nông dân tập thể được tách khỏi Thành ủy Hà Nội và trực thuộc Đảng bộ Khối Nông nghiệp T.Ư.
Giai đoạn sau Đại hội lần thứ nhất Hội NDVN (1987-2020)
Để chuẩn bị cho Đại hội đại biểu Hội NDVN lần thứ nhất theo Chỉ thị số 05 ngày 24/3/1987 của Ban Bí thư T.Ư Đảng, Ban Tổ chức T.Ư Đảng có Công văn số 1125-CV/BTCTW ngày 18/11/1987 về việc thành lập Đảng bộ cơ quan T.Ư Hội NDVN.
Ngày 8/8/1988, Đảng ủy Khối Dân vận T.Ư có Quyết định số 49 về việc thành lập Đảng bộ cơ quan T.Ư Hội NDVN với 36 đảng viên sinh hoạt tại 7 chi bộ, chỉ định Ban Chấp hành lâm thời gồm 5 đồng chí do đồng chí Trần Xuân Vũ làm Bí thư.
Ngày 14 và 15/12/1992, Đại hội lần thứ II Đảng bộ cơ quan Hội NDVN với tổng số 59 đảng viên. Ban Chấp hành gồm 6 đồng chí (khuyết 1 đồng chí). Đồng chí Nguyễn Thị Huệ làm Bí thư. Trong nhiệm kỳ này Đảng bộ liên tục đạt danh hiệu trong sạch, vững mạnh.
Tháng 8/1994, Đại hội lần thứ III với tổng số 84 đảng viên, Ban Chấp hành gồm 9 đồng chí, đồng chí Nguyễn Đức Triều được bầu làm Bí thư.
Năm 1997, Đảng bộ đại hội lần thứ IV. Ban Chấp hành gồm 9 đồng chí, bầu Ban Thường vụ gồm 3 đồng chí, đồng chí Lò Văn Inh làm Bí thư.
Tháng 11/2000, Đảng bộ đại hội lần thứ V. Ban Chấp hành gồm 9 đồng chí. Ban Thường vụ 3 đồng chí, đồng chí Lê Văn Nhẫn làm Bí thư, đồng chí Lê Anh Chiến làm Phó Bí thư... Đến tháng 12/2003 đồng chí Lê Văn Nhẫn nghỉ hưu, đồng chí Lê Anh Chiến được chỉ định quyền Bí thư Đảng ủy. Đến tháng 7/2004 đồng chí Nguyễn Hữu Mai - Phó Chủ tịch Ban Chấp hành T.Ư Hội NDVN được bầu bổ sung vào Ban Chấp hành, Ban Thường vụ làm Bí thư Đảng ủy.
Tháng 10/2005 Đảng bộ Đại hội lần thứ VI với 187 đảng viên, Đại hội bầu Ban Chấp hành gồm 15 đồng chí. Ban Chấp hành bầu đồng chí Nguyễn Hữu Mai làm Bí thư, đồng chí Trịnh Quốc Huy làm Phó Bí thư Thường trực. Đến tháng 1/2009 đồng chí Nguyễn Hữu Mai nghỉ hưu, đồng chí Trịnh Quốc Huy phụ trách Đảng ủy.
Tháng 8/2009 Ban Chấp hành đảng bộ bầu bổ sung 3 đồng chí vào Ủy viên Ban Chấp hành, trong đó đồng chí Lều Vũ Điều làm Bí thư, đồng chí Nguyễn Bá Dũng làm Phó Bí thư Thường trực Đảng ủy thay đồng chí Trịnh Quốc Huy nghỉ hưu. Tổng số đảng viên của Đảng bộ tính đến 10/2/2010 là 210. Trong suốt từ 1994 - 2003 và từ 2005 - 2009 Đảng bộ đạt danh hiệu trong sạch, vững mạnh.
Từ ngày 21 - 22/6/2010, Đại hội đại biểu Đảng bộ cơ quan T.Ư Hội NDVN lần thứ VII, nhiệm kỳ 2010 - 2015, gồm 110 đại biểu đại diện cho 253 đảng viên toàn Đảng bộ về dự. Đại hội đã bầu Ban Chấp hành Đảng bộ gồm 15 đồng chí, Ban Chấp hành bầu Ban Thường vụ Đảng ủy gồm 5 đồng chí, bầu đồng chí Lều Vũ Điều - Phó Chủ tịch Ban Chấp hành T.Ư Hội NDVN tái cử Bí thư Đảng ủy, đồng chí Nguyễn Bá Dũng tái cử Phó Bí thư Thường trực Đảng ủy. Đến tháng 10/2014, đồng chí Nguyễn Bá Dũng nghỉ hưu theo chế độ, Đảng ủy Khối các cơ quan T.Ư chỉ định bổ sung đồng chí Lưu Văn Bính - Ủy viên Ban Chấp hành T.Ư Hội NDVN, Phó Trưởng ban Tuyên huấn và đồng chí Nguyễn Anh Dũng - Ủy viên Ban Thường vụ T.Ư Hội, Trưởng ban Xã hội - Dân số và Gia đình tham gia Ban Chấp hành Đảng bộ Khóa VII, đồng chí Lưu Văn Bính được bầu làm Phó Bí thư Thường trực Đảng ủy.
Từ ngày 29 - 30/6/2015, Đảng bộ cơ quan Đại hội lần thứ VIII, nhiệm kỳ 2015-2020 với sự tham gia của 120 đại biểu đại diện cho trên 269 đảng viên toàn Đảng bộ. Đại hội đã bầu Ban Chấp hành Đảng bộ gồm 18/19 đồng chí (để khuyết 1 đồng chí), Ban Chấp hành đã bầu Ban Thường vụ Đảng ủy gồm 5 đồng chí, đồng chí Lại Xuân Môn - Phó Chủ tịch Thường trực Ban Chấp hành T.Ư Hội NDVN được bầu làm Bí thư Đảng ủy, đồng chí Lưu Văn Bính được bầu tái cử Phó Bí thư Thường trực Đảng ủy.
Đến tháng 10/2016 do đảm nhiệm chức danh Chủ tịch Ban Chấp hành T.Ư Hội NDVN nên đồng chí Môn đã có đơn và được Đảng ủy Khối các cơ quan T.Ư cho thôi tham gia Ban Chấp hành Đảng bộ cơ quan. Ban Chấp hành Đảng bộ cơ quan đã bầu bổ sung đồng chí Nguyễn Hồng Lý - Phó Chủ tịch Ban Chấp hành T.Ư Hội NDVN làm Bí thư Đảng ủy.
Đến tháng 12/2018 các đồng chí Nguyễn Hồng Lý và Lưu Văn Bính nghỉ hưu theo chế độ. Ban Chấp hành Đảng bộ đã bầu bổ sung đồng chí Thào Xuân Sùng - Ủy viên Ban Chấp hành T.Ư Đảng, Bí thư Đảng Đoàn, Chủ tịch Hội NDVN, làm Bí thư Đảng ủy; bầu đồng chí Trần Mạnh Hoài - Ủy viên Ban Chấp hành T.Ư Hội, Phó trưởng ban Xã hội, làm Phó Bí thư Thường trực Đảng ủy cơ quan.