Dự án (D.A) Thành phố giáo dục Quốc tế (IEC) Quảng Ngãi được khởi công vào tháng 3/2018, do Tập đoàn NHG làm chủ đầu tư, với tổng vốn trên 1000 tỷ đồng. DA được xây dựng trên tổng diện tích gần 10ha gồm nhiều hạng mục, như trường mầm non rộng hơn 12.000m2; trường iSchool có diện tích rộng hơn 14.000m2 được thiết kế 5 tầng/101 phòng học, đáp ứng cho khoảng 3.000 học sinh từ tiểu học đến THPT...
Một thời gian dài đã có nhiều bàn tán, tranh cãi trong dư luận về nguồn gốc và tính hợp pháp của số diện tích đất, mà cấp thẩm quyền Quảng Ngãi cấp cho Tập đoàn NHG làm dự án này.
Qua kiểm tra cơ quan chức năng Quảng Ngãi xác định, ông Nguyễn Phong là người đứng đầu Sở Xây dựng, thiếu trách nhiệm trong việc phối hợp tham mưu, đề xuất Chủ tịch UBND tỉnh giải quyết đề xuất của Chủ tịch UBND TP.Quảng Ngãi về việc, không thực hiện lập hồ sơ trình UBND tỉnh điều chỉnh quy hoạch cục bộ từ đất công viên - cây xanh sang đất giáo dục đào tạo; cho phép cập nhật nội dung điều chỉnh quy hoạch đã được UBND tỉnh thống nhất (tại Công văn 5714, ngày 15/9/2017), đối với dự án IEC Quảng Ngãi là vi phạm Luật Xây dựng.
Thứ 2 là DA khu sinh thái, nghỉ dưỡng tắm bùn suối nước nóng (gọi tắt là Dự án khu du lịch sinh thái) Nghĩa Thuận, do Công ty CP đầu tư (công ty) Hà – Mỹ Á làm chủ đầu tư.
DA có tổng vốn trên 223 tỷ đồng (trong đó gia đoạn 1 gần 120 tỷ đồng), được xây dựng tại thôn Mỹ Thạnh Bắc, xã Nghĩa Thuận, huyện Tư Nghĩa, trên diện tích 15,6ha (giai đoạn 1 là 11ha), trong đó diện tích đất trồng lúa chiếm gần 10ha.
Vào gần cuối năm 2018, dư luận trong tỉnh "nổi sóng" khi cấp thẩm quyền Quảng Ngãi đầu tư 70 tỷ đồng, làm tuyến đường nối Tỉnh lộ ĐT.623B vào DA khu nghỉ dưỡng. Lý do cho rằng tỉnh đã ưu ái "bất thường" cho công ty Hà - Mỹ Á
Đối với dự án trên, cơ quan chức năng kết luận ông Phong thiếu kiểm tra, thanh tra để chủ đầu tư khởi công xây dựng dự và đưa vào hoạt động khi chưa thực hiện đầy đủ các thủ tục hành chính về xây dựng, vi phạm Luật Xây dựng, Luật Đất đai.
Ngoài 2 vi phạm trên, từ tháng 9/2016 đến nay, ông Phong còn phải chịu trách nhiệm người đứng đầu về những khuyết điểm, vi phạm của Sở Xây dựng trong việc phối hợp, tham mưu Chủ tịch UBND tỉnh chấp thuận chủ trương đầu tư DA Công viên cây xanh kết hợp với dịch vụ văn hóa, thể thao đa năng, không đúng quy định Luật Đất đai năm 2013; cấp giấy phép xây dựng cho Công ty Cổ phần Hạ tầng và Bất động sản Việt Nam xây dựng DA Khu đô thị mới Nam Lê Lợi (trong khi dự án chưa có quyết định giao đất, cho thuê đất, chưa đủ điều kiện để được cấp giấy phép), là vi phạm Luật Xây dựng.
Trong 9 cán bộ lãnh đạo đương chức và nghỉ hưu bị Tỉnh ủy Quảng Ngãi thi hành kỉ luật lần này, ông Nguyễn Phong, Giám đốc Sở Xây dựng nhận mức nặng nhất là cảnh cáo.