Cụ thể, 3 bị cáo bị đưa ra xét xử trong vụ án này gồm:
Trần Khắc Hiệp (SN 1957, nguyên Trưởng Ban Quản lý dự án Nghi Sơn), Lê Xuân Hoàng (SN 1962, nguyên Kế toán trưởng, Trưởng Phòng Tài chính kế toán, Ban Quản lý dự án Nghi Sơn), Nguyễn Mạnh Tấn (SN 1981, nguyên nhân viên Phòng Tài chính kế toán, Ban Quản lý dự án Nghi Sơn).
Cả 3 bị cáo bị Viện kiểm sát nhân dân tối cao truy tố tội "Lập quỹ trái phép", quy định tại Điều 205, khoản 3, Bộ luật Hình sự năm 2015.
Sau 2 ngày xét xử, Hội đồng xét xử kết luận, nguyên Trưởng Ban Quản lý dự án Nghi Sơn Trần Khắc Hiệp giữ vai trò chính, người này chỉ đạo và trực tiếp ký 79 hợp đồng để gửi 1.600 tỷ vào MB Thanh Hóa, 4,7 tỷ vào Oceanbank Thanh Hóa.
Trần Khắc Hiệp sau đó chỉ đạo để ngoài sổ sách số tiền lãi hơn 19 tỷ để chi nội bộ, đối ngoại.
Với Lê Xuân Hoàng, người này đã bàn bạc, thống nhất với Trần Khắc Hiệp trong việc gửi tiền. Hoàng cũng là người quản lý, thu chi khoản tiền lãi hơn 19 tỷ đồng, Hoàng có vai trò sau bị cáo Trần Khắc Hiệp.
Nguyên nhân viên Phòng Tài chính kế toán, Ban Quản lý dự án Nghi Sơn Nguyễn Mạnh Tấn đã tiếp nhận ý chí của 2 người trên, tiếp nhận số tiền lãi hơn 6 tỷ đồng, quản lý theo sự chỉ đạo của Hoàng, Tấn được xác định là đồng phạm với vai trò giúp sức trong vụ án.
Hội đồng xét xử nhận định, hành vi của các bị cáo là rất nghiêm trọng, xâm phạm trật tự quản lý kinh tế, gây thiệt hại cho Nhà nước.
Với bị cáo không bị truy cứu trách nhiệm hình sự trong vụ án là ông Tôn Anh Thi, Hội đồng xét xử thấy khi giữ chức Trưởng Ban quản lý dự án Nghi Sơn, ông này chấp thuận gửi 890 tỷ vào ngân hàng MB Thanh Hóa, sau đó giao Tấn quản lý, để ngoài sổ sách hơn 1 tỷ đồng tiền lãi.
Sau khi thanh tra của Tập đoàn Dầu khí Việt Nam (PVN) kiểm tra, phát hiện, ông Thi đã nộp cho tập đoàn toàn bộ số tiền dùng để lập "quỹ đen".
Theo tòa sơ thẩm, ông Thi phạm tội "Lập quỹ trái phép", tuy nhiên ông này đã được Viện kiểm sát nhân dân tối cao đình chỉ bị can do có nhiều tình tiết giảm nhẹ nên không xem xét hành vi.
Trước khi xét xử, do được đình chỉ bị can nên ông Thi đề nghị tòa tuyên PVN phải trả cho ông số tiền đã nộp. Xét thấy trong số một tỷ đồng này, ông Thi đã tự ý trích 813 triệu để hỗ trợ các nạn nhân mà chưa được PVN đồng ý nên Hội đồng xét xử buộc PVN chỉ phải trả lại cho ông Thi hơn 300 triệu.
Sau khi nghị án, Tòa án nhân dân TP.Hà Nội tuyên phạt bị cáo Trần Khắc Hiệp, bị cáo Lê Xuân Hoàng 4 năm tù về tội Lập quỹ trái phép; bị cáo Nguyễn Mạnh Tấn bị tuyên phạt 2 năm tù.
Hội đồng xét xử cũng buộc bị cáo Hiệp phải bồi thường 10 tỷ đồng cho PVN, ghi nhận bị cáo đã nộp lại hơn 7 tỷ. Với bị cáo Hoàng, người này bị buộc phải khắc phục 9 tỷ đồng, hiện đã nộp được 200 triệu đồng.