Theo quyết định của Tổng LĐLĐ Việt Nam, ông Lê Vinh Danh đã vi phạm khoản 1 và khoản 4 của Điều 12 Nghị định 27 của Chính phủ.
Theo đó, ông Danh không hoàn thành nhiệm vụ quản lý, điều hành theo sự phân công mà không có lý do chính đáng, để xảy ra hậu quả nghiêm trọng, vi phạm ở mức độ nghiêm trọng quy định của pháp luật về phòng, chống tham nhũng, thực hành tiết kiệm, chống lãng phí; bình đẳng giới; phòng, chống tệ nạn xã hội và các quy định khác của pháp luật liên quan đến viên chức.
Ngoài ra, Tổng LĐLĐ Việt Nam còn ra quyết định khiển trách ông Võ Hoàng Duy, Phó Hiệu trưởng Trường ĐH Tôn Đức Thắng nhiệm kỳ 2014 – 2019, phê bình nghiêm khắc đối với 2 Phó Hiệu trưởng Trường ĐH Tôn Đức Thắng là Trần Trọng Đạo và Nguyễn Ngọc Sơn.
Trước đó, Phó Thủ tướng Vũ Đức Đam đã họp với nhiều đơn vị liên quan về một số vấn đề của ĐH Tôn Đức Thắng. Phó Thủ tướng Vũ Đức Đam cho biết, ĐH Tôn Đức Thắng là cơ sở giáo dục đại học công lập. Mọi hoạt động phải phù hợp với pháp luật nói chung và quy định về giáo dục đại học, công chức, viên chức nói riêng.
Hiện nay, ĐH Tôn Đức Thắng không có Hội đồng trường, nhiều vị trí lãnh đạo, quản lý không được kiện toàn. Vì vậy, Bộ GD-ĐT, Tổng LĐLĐ Việt Nam cần chỉ đạo trường khẩn trương hoàn thiện bộ máy tổ chức quản lý để đảm bảo và tạo điều kiện cho trường phát triển.
Hồi tháng 9, Ban Thường vụ Đảng ủy khối Đại học, Cao đẳng TP.HCM đã công bố quyết định kỷ luật với các cá nhân, tập thể Đảng ủy ĐH Tôn Đức Thắng nhiệm kỳ 2015-2020. Ông Lê Vinh Danh, Hiệu trưởng ĐH Tôn Đức Thắng, bị cách tất cả chức vụ trong Đảng.
Ông Võ Hoàng Duy, Phó bí thư Đảng ủy; bà Phạm Thị Minh Lý, Ủy viên Ban Thường vụ Đảng ủy, Chủ nhiệm Ủy ban Kiểm tra Đảng ủy; ông Nguyễn Văn Bắc, Đảng ủy viên; ông Nguyễn Minh Quang, Đảng ủy viên, bị khiển trách. Đảng ủy trường ĐH Tôn Đức Thắng bị cảnh cáo.
Ban chấp hành Đảng bộ ĐH Tôn Đức Thắng nhiệm kỳ 2015-2020 có 10 người do ông Danh làm Bí thư. Ban giám hiệu đại học này chỉ có Hiệu trưởng Lê Vinh Danh, các hiệu phó đã kết thúc nhiệm kỳ từ cuối tháng 3.
Động thái trên được đưa ra sau khi Ủy ban Kiểm tra Thành ủy TP.HCM kiểm tra khi có dấu hiệu vi phạm đối với tập thể Đảng ủy Trường ĐH Tôn Đức Thắng nhiệm kỳ 2015-2020 và cá nhân ông Danh. Theo kết quả kiểm tra, Đảng ủy trường bị xác định buông lỏng lãnh đạo, chỉ đạo, giám sát việc thực hiện nhiệm vụ chính trị, nhất là những vấn đề quan trọng có ảnh hưởng lớn đến định hướng phát triển, hoạt động của trường và công tác cán bộ.
Theo Ủy ban Kiểm tra Thành ủy TP.HCM, tập thể này cũng buông lỏng lãnh đạo, chỉ đạo, để lãnh đạo trường vi phạm nguyên tắc tập trung dân chủ, để một số cán bộ chủ chốt của trường có những phát biểu không đúng, thiếu chuẩn mực, làm ảnh hưởng nghiêm trọng uy tín của Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam.
Ông Danh bị cho là có những khuyết điểm, vi phạm như: chỉ đạo xây dựng, ban hành quy chế làm việc và các quy chế, quy định của trường có nội dung không đầy đủ, không bám sát quy định của Đảng, pháp luật.
Ngoài ra, ông Danh còn bị cho là có nhiều vi phạm trong công tác quản lý tài chính, tài sản, phê duyệt dự án đầu tư... Hiệu trưởng này đã tự ký ban hành Nghị quyết kết thúc nhiệm kỳ Hội đồng trường và các phó hiệu trưởng, tự gia hạn nhiệm kỳ cho hiệu trưởng, trái quy định về nội dung, trình tự, thẩm quyền.