Từ năm 2012-2016 các đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Tổng cục Lâm nghiệp thực hiện cơ chế tài chính theo Nghị định số 43/2006/NĐ-CP ngày 25/04/2006 về giao quyền tự chủ tài chính cho các đơn vị sự nghiệp kinh tế, sự nghiệp khác trực thuộc Tổng cục.
Từ năm 2017, 06 Vườn Quốc gia trực thuộc Tổng cục thực hiện cơ chế tài chính theo Nghị định số 141/2016/NĐ-CP của Chính phủ quy định cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực sự nghiệp kinh tế và sự nghiệp khác có hiệu lực từ ngày 20/12/2017.
Tháng 6 năm 2019, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn ban hành quyết định giao quyền tự chủ tài chính cho các đơn vị sự nghiệp kinh tế, sự nghiệp khác trực thuộc Tổng cục
Theo đó, số đơn vị tự bảo đảm chi thường xuyên: 04 đơn vị (Vườn Quốc gia Ba Vì, Cúc Phương, Cát Tiên và Bạch Mã), tuy nhiên giai đoạn 2019 – 2020 nhà nước đặt hàng, giao nhiệm vụ sự nghiệp công sử dụng ngân sách nhà nước năm đầu thời kỳ ổn định.
Số đơn vị do Nhà nước bảo đảm chi thường xuyên: 02 đơn vị (Vườn Quốc gia Tam Đảo, YokDon).
Tuy nhiên, theo đánh giá, nguồn thu của đơn vị được phân loại đảm bảo chi thường xuyên chủ yếu dựa vào nguồn thu phí, lệ phí nên thiếu tính ổn định.