Cụ thể, Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao đã ban hành cáo trạng, truy tố cựu Chủ tịch UBND TP.Hà Nội Nguyễn Đức Chung cùng 6 bị can khác trong vụ án vi phạm quy định đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng, xảy ra tại Sở Kế hoạch và đầu tư TP.Hà Nội và một số đơn vị liên quan.
Viện Kiểm sát truy tố ông Nguyễn Đức Chung tội "Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ", quy định tại Khoản 1, Điều 281, Bộ luật Hình sự năm 1999.
6 bị can Nguyễn Văn Tứ - cựu Giám đốc Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội; Nguyễn Tiến Học – cựu Phó Giám đốc Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội; Phạm Thị Kim Tuyến – cựu Trưởng phòng Đăng ký kinh doanh, Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội; Phạm Thị Thu Hường – cựu Chánh Văn phòng Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội; Lê Duy Tuấn – Giám đốc kinh doanh Công ty TNHH Đầu tư và Phát triển Đông Kinh; Võ Việt Hùng – Giám đốc Công ty TNHH Đầu tư và Phát triển Đông Kinh bị truy tố tội "Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng", quy định tại Khoản 3, Điều 222, Bộ luật Hình sự năm 2015, sửa đổi, bổ sung năm 2017.
Theo cáo trạng, với hành vi "Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng", trong thời gian từ năm 2016 đến cuối năm 2018, Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội làm chủ đầu tư thực hiện 2 gói thầu "Số hóa hồ so đăng ký kinh doanh trên địa bàn TP.Hà Nội" năm 2016, 2017, tương ứng với 2 hợp đồng kinh tế được ký kết với Liên danh Nhật Cường – Đông Kinh.
Trong quá trình tổ chức, thực hiện 2 gói thầu số hóa trên, Nguyễn Văn Tứ - Giám đốc, Nguyễn Tiến Học – Phó Giám đốc, Phạm Thị Kim Tuyến – Trưởng phòng kinh doanh và Phạm Thị Thu Hường – Chánh Văn phòng Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội đã thực hiện hành vi can thiệp trái pháp luật vào hoạt động đấu thầu.
Cụ thể, các bị can đã thực hiện ý kiến chỉ đạo của Chủ tịch UBND TP.Hà Nội dừng gói thầu số hóa năm 2016 trái quy định của Luật đấu thầu; đưa thêm yêu cầu cập nhật công nghệ số hóa đã được thực hiện trong quá trình thí điểm (mặc dù kết quả thí điểm không đạt yêu cầu), đồng thời đưa thêm yêu cầu phải cập nhật hệ thống dữ liệu dùng chung thành phố, trong khi thành phố chưa có hệ thống dùng chung để sửa đổi hồ sơ mời thầu.
Các bị can Tuyến, Hường thống nhất với nhà thầu trong việc lập, điều chỉnh, bổ sung các nội dung, tiêu chí trong quá trình thí điểm vào hồ sơ mời thầu sửa đổi; Lập hồ sơ mời thầu không đúng quy định nhằm tạo lợi thế cho Liên danh Nhật Cường – Đông Kinh tham gia, trúng thầu gói thầu số hóa năm 2016. Cùng với đó là sử dụng hồ sơ mời thầu gói thầu năm 2016 mà Liên danh Nhật Cường – Đông Kinh đã trúng thầu và đang thực hiện hợp đồng để tiếp tục tổ chức đấu thầu, tạo lợi thế cho Liên danh Nhật Cường – Đông Kinh tiếp tục trúng thầu gói thầu số hóa năm 2017…
Các bị can Bùi Quang Huy - Tổng Giám đốc Công ty TNHH Thương mại và Dịch vụ kỹ thuật Nhật Cường, Võ Việt Hùng, Lê Duy Tuấn thuộc Liên danh Nhật Cường – Đông Kinh đã gian lận trong việc lập "khống" hợp đồng chứng minh khả năng, kinh nghiệm để hợp thức hóa hồ sơ năng lực, tham gia dự thầu.
Các đối tượng thiết lập các công ty làm "quân xanh" khi tham gia đấu thầu, sau khi trúng đã chuyển nhượng thầu trái phép.
Hành vi của Nguyễn Văn Tứ, Nguyễn Tiến Học, Phạm Thị Kim Tuyến, Phạm Thị Thu Hường đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn để can thiệp bất hợp pháp vào hoạt động đấu thầu. Hành vi của Bùi Quang Huy, Võ Việt Hùng, Lê Duy Tuấn là gian lận, thông thầu và chuyển nhượng thầu trái phép, thuộc các hành vi bị nghiêm cấm trong Luật đấu thầu.
Hành vi của các bị can làm sai lệch kết quả lựa chọn nhà thầu, dẫn đến hiệu quả, mục đích, yêu cầu gói thầu không đạt được, gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 26,5 tỷ đồng.
Cơ quan truy tố cáo buộc, ông Tứ, ông Học phải chịu trách nhiệm trong việc thực hiện gói thầu số hóa năm 2016, gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 18,3 tỷ đồng; bà Tuyến, Hường, Bùi Quang Huy, Võ Việt Hùng, Lê Duy Tuấn phải chịu trách nhiệm với các sai phạm trong việc thực hiện 2 gói thầu, gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 26,5 tỷ đồng.
Với hành vi lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ, mặc dù gói thầu số hóa năm 2016 do Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội làm chủ đầu tư, người có thẩm quyền đối với gói thầu là Giám đốc Sởm nhưng ông Nguyễn Đức Chung – Chủ tịch UBND TP.Hà Nội đã chỉ đạo đình chỉ, dừng thực hiện gói thầu số hóa năm 2016.
Sau khi dừng thầu, ông này đã yêu cầu Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội lựa chọn công nghệ số hóa cơ sở dữ liệu doanh nghiệp, đảm bảo tích hợp với hệ thống dùng chung của Thành phố, trong khi tới thời điểm Viện Kiểm sát nhân dân tối cao ban hành cáo trạng, thành phố chưa hình thành cơ sở hệ thống dữ liệu dùng chung, và cho Công ty Nhật Cường thí điểm số hóa để cho Công ty Nhật Cường tham gia đấu thầu, trúng thầu.
Đồng thời, Công ty Minh Hoa (do vợ ông Chung làm Giám đốc) ký kết hợp đồng kinh tế với Công ty Nhật Cường có cơ sở xác định là hợp đồng khống, để Liên danh Nhật Cường – Đông Kinh hợp thức hóa hồ sơ năng lực để dự thầu và trúng thầu.
Hành vi của ông Nguyễn Đức Chung đã xâm phạm đến hoạt động đúng đắn của cơ quan Nhà nước, làm ảnh hưởng đến uy tín, hình ảnh của cơ quan công quyền thuộc UBND TP.Hà Nội.