Theo kết luận kiểm toán, việc quản lý và sử dụng vốn đầu tư của BQLDA còn nhiều hạn chế, việc bố trí vốn quá thời hạn cho 2 dự án đường giao thông Ea H'leo – Ea Súp; cầu vượt sông Krông Ana và đường hai đầu cầu nối tỉnh lộ 2 với tỉnh lộ 7 dẫn đến việc phải hủy vốn đã được cấp làm phát sinh nợ đọng.
Đối với công tác lập, thẩm định và phê duyệt, điều chỉnh chủ trương đầu tư chưa đúng với quy định đối với 6 dự án: Đường kết nối Tỉnh lộ 8 với quốc lộ 29; đầu tư xây dựng cầu Cư Păm; đường giao thông nông thôn đến làng thanh niên lập nghiệp xã Ia Lốp, huyện Ea Súp; cải tạo, nâng cấp và kéo dài tỉnh lộ 7; dự án cải tạo, nâng cấp đường giao thông liên xã Ea Đrăng – Ea Khal – Ea Wy – Cư Amung (Ea H'leo); đường giao thông từ thôn 4 về trung tâm xã Cư San (M'Đrắc).
Đối với công tác lập, thẩm định và phê duyệt dự án đầu tư, tổng mức đầu tư, điều chỉnh dự án và điều chỉnh tổng mức đầu tư dự án cải tạo, nâng cấp và đầu tư xây dựng mới một số hạng mục của hồ Ea Kao có thiết kế cơ sở không phù hợp với chủ trương đầu tư; làm tăng tổng mức đầu tư, kéo dài thời gian thực hiện dự án.
Đối với dự án đường giao thông nông thôn đến làng thanh niên lập nghiệp xã Ia Lốp, huyện Ea Súp chưa đánh giá đúng hiện trạng của tuyến đường, dẫn đến quá trình triển khai phải điều chỉnh quy mô, làm tăng tổng mức đầu tư, kéo dài thời gian thực hiện.
Về công tác khảo sát, thiết kế, dự toán và điều chỉnh thiết kế, dự toán công trình hầu hết tồn tại một số nội dung nhưng chủ đầu tư vẫn thẩm định như: hồ sơ thiết kế bản vẽ thi công chưa ghi ngày tháng và ký xác nhận thẩm định, công tác khảo sát chưa phù hợp với thực tế dẫn đến việc phải điều chỉnh thiết kế trong quá trình thi công; lập dự toán còn tính trùng, tính thừa khối lượng; thiết kế chưa đảm bảo các quy định, tiêu chuẩn; dự toán tính sai hệ số phòng trượt giá làm tang giá gói thầu; phê duyệt thiết kế bản vẽ thi công và thiết kế cơ sở chưa phù hợp với chủ trương đầu tư.
Về công tác lựa chọn nhà thầu, thương thảo và ký hợp đồng thì hầu hết chủ đầu tư chưa thực hiện đăng tải kết quả lựa chọn nhà thầu các gói thầu chỉ định thầu rút gọn; hồ sơ mời thầu không quy định rõ nội dung và nguyên tắc sử dụng chi phí dự phòng theo quy định.
Việc thực hiện điều chỉnh giá hợp đồng vượt giá gói thầu khi chưa được người có thẩm quyền quyết định đầu tư chấp thuận; hợp đồng thi công xây dựng không kèm kế hoạch thực hiện công tác giải phóng mặt bằng theo quy định.
Về công tác quản lý tiến độ ở một số dự án còn thực hiện chậm so với hợp đồng dẫn đến việc phải gia hạn; có dự án không có phương án tổ chức thi công phù hợp dẫn đến việc giải ngân đạt tỷ lệ thấp.
Về công tác quản lý chất lượng công trình còn nhiều hạn chế và không phù hợp với quy định, một số dự án còn kém chất lượng dẫn đến việc hư hỏng, xuống cấp.
Kiểm toán nhà nước khu vực XII đã kiến nghị thu hồi hơn 9 tỷ đồng và đề nghị Ban QLDA ĐTXD công trình GT&NN PTNT tỉnh Đắk Lắk chấn chỉnh công tác quản lý, sử dụng tài chính, tài sản công. Đồng thời khắc phục các tồn tại, hư hỏng công trình được phát hiện qua kiểm tra thực tế. Kết luận kiểm toán cũng đề nghị Ban QLDA ĐTXD công trình GT&NN PTNT tỉnh Đắk Lắk tổ chức kiểm điểm, xác định trách nhiệm đối với các tập thể và cá nhân liên quan đến những sai phạm trên.