Theo cáo trạng, khoảng tháng 9/2020, Phi sử dụng tài khoản Facebook "Phi Kim" kết bạn với một số tài khoản Facebook là thành viên của tổ chức "Chính phủ quốc gia Việt Nam lâm thời" do Đào Minh Quân cầm đầu và tham gia các hội, nhóm của tổ chức… Sau đó, Phi thường xuyên theo dõi, bình luận, thích, chia sẻ các bài viết, video clip, hình ảnh có nội dung tuyên truyền chống phá Đảng, Nhà nước CHXHCN Việt Nam… ca ngợi chế độ Việt Nam Cộng Hòa và Đào Minh Quân.
Đến cuối tháng 12/2020, Phi làm hồ sơ xin gia nhập tổ chức "Chính phủ quốc gia Việt Nam lâm thời" và tham gia họp trực tuyến với tổ chức nhiều lần, được các thành viên trao đổi, bàn bạc các vấn đề liên quan đến hoạt động của tổ chức, hướng dẫn, đào tạo, huấn luyện phương thức hoạt động.
Ngoài ra, Phi còn đăng ký tham gia "Trưng cầu dân ý" bầu Đào Minh Quân làm Tổng thống Đệ tam Việt Nam Cộng Hòa.
Theo kết luận giám định của Sở Thông tin và Truyền thông tỉnh An Giang: Những video clip và các trang tài liệu thu giữ từ tài khoản Facebook "Phi Kim" của Phi có những nội dung tuyên truyền chống phá Đảng, Nhà nước CHXHCN Việt Nam và có nội dung hoạt động nhằm lật đổ chính quyền.
Ngày 15/7/2021, Cơ quan An ninh điều tra Công an tỉnh An Giang đã ra quyết định khởi tố vụ án, khởi tố bị can và lệnh bắt bị can Phi để tạm giam. Đồng thời, ra lệnh khám xét chỗ ở của Phi, lực lượng chức năng thu giữ nhiều vật chứng liên quan.
Kết thúc phiên tòa, HĐXX tuyên phạt bị cáo Lê Thị Kim Phi 6 năm tù về tội "Hoạt động nhằm lật đổ chính quyền nhân dân".