Theo sách Đại Nam chính biên liệt truyện, Hoàng đế Quang Trung mất vào ngày 29/9 năm Nhâm Tý, nhưng trong sách La Sơn phu tử của học giả Hoàng Xuân Hãn, nhà vua băng hà trong khoảng thời gian từ 15/7 – 15/8 năm Nhâm Tý.
Sách Đại Nam chính biên liệt truyện ghi rõ việc vua Quang Trung trước khi mất trối trăng với Trần Quang Diệu và triều thần: “Sau khi ta mất rồi, phải trong một tháng lo chôn cất sơ sài cho xong việc mà thôi. Các ngươi phải phò Thái tử sớm ra Vĩnh Đô để khống chế thiên hạ. Nếu không, khi quân Gia Định kéo ra, các ngươi không còn chỗ chôn đấy”.
Trong khi đó, sách Tây Sơn thuật lược lại viết: “Thường ngày Nguyễn Huệ hay sợ Nguyễn Ánh phục thù, nên lúc đau nguy cấp, Nguyễn Huệ nói với kẻ bầy tôi: Hắn sẽ phục quốc được và có triều thần thưa rằng, nếu hắn ra thì bọn hạ thần xin đánh. Nguyễn Huệ nói: Ngươi chớ cho lời ta nói láo, nếu hôm nay ta chết, thì ngày mai hắn ắt ra, nếu mai ta chết thì ngày sau hắn ắt ra. Ngươi còn sống ngươi xem. Nói xong Huệ liền mất”.
Theo sách Những khám phá về Hoàng đế Quang Trung, tuân thủ di huấn của nhà vua, việc chôn cất được tiến hành tuyệt đối bí mật nên tang lễ không linh đình và lăng mộ không quy mô, tráng lệ như các bậc đế vương khác. Thậm chí, trước phút băng hà, Vua Quang Trung còn căn dặn triều thần không được để lộ việc chôn cất ở đâu; khi báo tang với nhà Thanh thì cố tình giấu nhẹm địa điểm Phú Xuân, mà nói là chết ở Nghệ An và ngay cả sau này khi sứ thần Trung Quốc là Thành Lâm sang điếu tang cũng bị Tây Sơn ngăn cản.
Vậy, lăng mộ thực sự ở đâu? Đại Nam chính biên liệt truyện đã xác định ở Nam Sông Hương, nhưng độ tin cậy của tài liệu này cũng cần xem xét vì sách này đã ghi ngày chết, tháng chôn cất của nhà vua bị các sử gia đương thời và hiện nay coi là không đúng.
Lịch sử đã ghi nhận rằng, đúng như nỗi ám ảnh tới phút hấp hối của vua Quang Trung, sau khi lên ngôi vào năm Nhâm Tuất (1802), Vua Gia Long (Nguyễn Ánh) không hề che đậy sự tàn bạo, hiếu sát nhà Tây Sơn khi tuyên bố: “Trẫm vì chín đời mà trả thù”. Sau khi bắt sống vua Bảo Hưng Nguyễn Quang Toản, xa giá của Hoàng đế Gia Long từ Thăng Long trở về Phú Xuân và đã “tận pháp trừng trị” vua quan Tây Sơn… Sách Đại Nam thực lục chính biên chép: Quang Toản và những người con khác của Nguyễn Nhạc, Nguyễn Huệ là Quang Duy, Quang Thiệu và Quang Bàn bị 5 voi xé xác, đầu bị bỏ vào vò và giam trong ngục. Quang Tự, Quang Điện, Nguyễn Văn Trị, rồi các con của Nguyễn Nhạc gồm Thanh, Hán, Dũng bị giết ngay sau khi bị bắt; chưa kể 31 người có quan hệ huyết thống với Nguyễn Huệ đều bị xử lăng trì.
Lăng mộ nhà Tây Sơn như các lăng của Vua Thái Đức và Vua Quang Trung bị quật lên, hài cốt bị giã nát quăng đi, đầu ba vua Tây Sơn (Thái Đức, Quang Trung và Cảnh Thịnh) và bài vị vợ chồng Nguyễn Huệ thì bị giam trong ngục tối. Theo Quốc sử quán triều Nguyễn, ba đầu lâu được bỏ vào 3 cái vò, đậy nắp kỹ, niêm khằng, quấn xích sắt, chú bùa để giam vĩnh viễn trong Nhà Đồ ngoại (sau đổi thành Vũ Khố) vào tháng 11 năm Nhâm Tuất (1802)…
Về toàn bộ tấn thảm kịch triều Tây Sơn, De la Bissaehère viết vào năm 1807: “Tôi xin bắt đầu kể về các sự việc đối với Vua trẻ Tây Sơn. Trước hết, người ta bắt vị vua đó nhìn tận mắt một cảnh tượng đau lòng. Hài cốt của cha mẹ vua chết đã mười, mười hai năm nay, cùng hài cốt của những người bà con thân cận của vua đều bị quật lên, rồi lấy các xương giã nát… Theo tục lệ mê tín của người trong xứ, người ta đem các xương của hai vị sinh thành ra vua đem chém cổ (chém lệ dưới hình thức yểm) vừa để sỉ nhục nhưng quan trọng nhất là làm cho các xương đó không còn sinh phúc cho con cháu. Hốt tất cả các xương đó dồn vào trong cái giỏ lớn để binh sĩ tiểu tiện vào và sau đó, lại nghiền ra thành bột bỏ vào một cái giỏ khác đặt trước mặt Vua trẻ để làm cho nhà vua đau khổ. Để tỏ ra tôn trọng ngôi vị đế vương, theo tục lệ ở trong nước đối với người sắp bị tử hình, người ta dọn cho vua một bữa tiệc khá thịnh soạn.
Em vua can đảm hơn vua, thấy vua ăn thì trách nói: Nhà mình thiếu gì mâm, cần gì phải ăn mâm mướn. Ăn xong, người ta nhét giẻ vào miệng nhà vua và nhiều người khác để họ khỏi chửi mắng… Đoạn trói tay vua vào 5 con voi để cho voi xé… Người ta đem bêu các phần đó lên đầu các cọc cao cắm ở năm chợ đông người nhất trong đô thành. Các cọc đó được canh giữ ngày đêm và người ta đe doạ phạt nặng những ai làm mất đi. Bắt phải để như vậy cho đến lúc bị vữa thối hoặc bị quạ ăn”.
Như vậy, rõ là những trăn trở đau đáu của vua Quang Trung không hề vô bổ, mà thực sự như lời “sấm truyền” dành cho quan quân nhà Tây Sơn sau này.