Cụ thể, tòa nhà HUD Tower sai quy hoạch, do Tổng công ty Đầu tư phát triển nhà và đô thị (HUD) làm chủ đầu tư. Theo kết luận số 39 của Thanh tra Bộ Xây dựng, dự án với tổng mức đầu tư khoảng 2.000 tỷ đồng này đã điều chỉnh chức năng từ đất ở thành văn phòng, khách sạn, thương mại rồi thành tòa nhà văn phòng HUD Tower, làm tăng hệ số sử dụng đất từ 3,1 lần thành 10,92 lần, tăng tổng diện tích sàn xây dựng thành hơn 70.800 m2, tăng gấp đôi số tầng cao tối đa, từ 15 tầng thành 32 tầng.
Ngày 21/5/2004, UBND TP.Hà Nội có quyết định lựa chọn chỉ tiêu quy hoạch ô đất có ký hiệu 2.4-NO là nhà ở cho thuê, mật độ xây dựng 51%, tầng cao 15 tầng.
Đến ngày 13.10.2008, UBND TP.Hà Nội chấp thuận điều chỉnh ô đất 2.4-NO từ nhà ở cho thuê, tầng cao 15 tầng; thành văn phòng, khách sạn, thương mại, tầng cao 32 tầng.
Kết luận thanh tra cho rằng, văn bản chấp thuận này là điều chỉnh không thuộc các trường hợp được điều chỉnh, không tính toán giải pháp về hạ tầng kỹ thuật, hạ tầng xã hội, vi phạm Điều 29 Nghị định số 08/2005/NĐ-CP, khoản 3 Phần 6 Thông tư 07/2008/TT-BXD của Bộ Xây dựng.
Sau đó, ngày 29.4.2009, Sở Quy hoạch - Kiến trúc chấp thuận tổng mặt bằng, phương án kỹ thuật, đồng ý dự án có chức năng tòa nhà văn phòng HUD Tower. Đồng thời, chấp thuận 3 tầng hầm B1, B2, B3 vượt chỉ giới xây dựng.
Việc chấp thuận 3 tầng hầm B1, B2, B3 vượt chỉ giới xây dựng là vượt thẩm quyền, vi phạm điểm b khoản 2 Điều 3 Nghị định số 41/2007/NĐ-CP ngày 22/3/2007 của Chính phủ về xây dựng ngầm đô thị.
Thanh tra Bộ Xây dựng chỉ rõ UBND TP.Hà Nội điều chỉnh 1 lần, Sở Quy hoạch - Kiến trúc điều chỉnh 1 lần sai quy định. Đây là trách nhiệm của Sở Quy hoạch - Kiến trúc, UBND TP.Hà Nội và đề nghị các cơ quan này kiểm điểm, xử lý trách nhiệm tổ chức, cá nhân có vi phạm.