Giống như Lưu Bang nhà Hán, Hồng Vũ Đế đã gây ra nhiều vụ án văn chương và gây ra nhiều án liên lụy đến nhiều người nhằm diệt trừ hậu họa cho con cháu. Thái tổ nhận thấy thái tử nhu nhược, khó mà điều khiển nổi những công thần bướng bỉnh không thuần, nên trước khi ông qua đời còn giúp cho con cháu diệt trừ tận gốc và vụ án Tống Liêm là một minh chứng.
Tống Liêm là thầy của thái tử, từ những năm đầu đã theo làm tham mưu cho Thái tổ và cùng vào sinh ra tử chốn quân trường, lập được nhiều công to, làm quan đến chức Học sĩ Thừa chỉ tri chế cáo. Thái tổ cũng viện cớ để giết ông ta, thái tử thấy thầy bị kết án chém, rơi lệ cầu xin cho thầy. Để dạy bảo thái tử, vua cho mang một cây roi lớn có đầy gai nhọn quẳng xuống đất, rồi bảo thái tử nhặt lên. Thái tử có vẻ lúng túng, nhà vua liền dạy rằng:
- Cây roi có gai ngươi không nhặt, vậy để ta róc hết những cái gai nhọn trên cây roi kia thay cho ngươi nhé?
Thái tử vốn là người thông minh nên sớm hiểu được ý của cha, nhưng cũng không cho là đúng, liền khuyên giải vua cha một cách khéo léo rằng:
- Trên mà có vua Nghiêu Thuấn, thì dưới sẽ có dân Nghiêu Thuấn. Ngụ ý trong câu nói này của thái tử là làm vua không được tàn bạo. Nhưng ngay lúc đó, Thái tổ rất giận dữ, liền tóm lấy chiếc ghế quẳng về hướng thái tử.
Việc này cho thấy Hồng Vũ Đế sau khi đã ngồi trên ngai rồng đã xem công thần là những gai nhọn cần phải loại bỏ. Thống nhất thiên hạ rồi, không thể dùng võ tướng nữa, ông đã tính kỹ cho con cháu. Dùng quan văn để trị thiên hạ. Như vậy nhưng Chu Thái Tổ vẫn không an tâm, cho nên quyền lực từ trung ương đến địa phương hầu hết đều tập trung trong tay hoàng đế, ông cho phát triển chế độ Trung ương tập quyền đến đỉnh cao và trở thành một trong những vị vua có quyền lực nhất trong lịch sử Trung Quốc.
Sau vụ Tống Liêm, Hồng Vũ Đế tạo nên những vụ án lớn, có rất nhiều văn thần võ tướng đã bị càn quét triệt để. Năm Hồng Vũ thứ 13 (1380), Thừa tướng Hồ Duy Dung bị kết tội mưu phản, làm liên lụy đến hơn 3 vạn người vô tội. Năm Hồng Vũ thứ 26 (1393), tướng quân Lam Ngọc - người được xem như em ruột của Chu Nguyên Chương, nhưng cũng chịu chung số phận cùng với 2 vạn người khác bị chém đầu. Minh Thái Tổ đã cuốn một loạt “gai góc” đến hơn 6, 7 vạn người. Ông còn để cho cơ quan đặc vụ Cẩm y vệ hoạt động công khai, từ sau bức rèm the lại nhảy lên tiền đài.
Những năm cuối đời, Hồng Vũ Đế còn ban bố điều lệ Hoàng Minh Tổ huấn, yêu cầu con cháu cùng các công thần phải tuân thủ “phép tắc của tổ tông”, quy định đời sau kẻ nào sửa đổi điều tổ tông đặt ra thì giết không tha. Ông đã giữ chính sách bế quan tỏa cảng, trở thành “tổ huấn”, dĩ nhiên là “tổ huấn” đó đã được giữ khư khư một cách tiêu cực, làm cho nền chính trị của vương triều Minh bị ảnh hưởng một cách lâu dài.
Minh Thái Tổ - Chu Nguyên Chương đã vì giang sơn muôn đời của Đại Minh mà khổ tâm sắp đặt, trừ hậu họa cho con cháu bằng việc ban bố tổ huấn, nhưng sự việc cuối cùng lại không theo như ý muốn của ông. Sau khi ông qua đời, khi mộ chưa xanh cỏ thì trong hoàng tộc giữa chú và cháu đã xảy ra tranh đoạt quyền lực lẫn nhau. Không những thế, di sản mà Chu Nguyên Chương dày công xây dựng là “tổ huấn” đã bị người con thứ tư của ông là Chu Lệ, tức là Chu Thành Tổ sau này phá hoại. Thành Tổ sau khi chiếm ngôi hoàng đế đã cho dời đô từ Nam Kinh về Yên Kinh.
Minh Thái Tổ giết hại công thần, nên không còn ai để giao việc và cuối cùng là quyền lực trong triều dần dần rơi vào tay các hoạn quan. Vì thế, triều Minh đã trở thành triều đại mà hoạn quan gây họa kịch liệt nhất trong lịch sử phong kiến ở Trung Quốc. Thế mới hay rằng, ở đâu và thời nào cũng vậy, nếu không biết trân trọng quá khứ thì tai họa sẽ ập đến và không thể chống đỡ. Bởi thế, trong thành ngữ của dân tộc Ấn Độ có câu rằng: “Nếu anh bắn vào quá khứ bằng súng lục, thì tương lai sẽ bắn vào anh bằng đại bác”. Cho đến bây giờ, với bất kỳ ai và bất cứ dân tộc nào thì câu nói đó vẫn không hề sai và mong rằng hậu thế đừng ai quên điều ấy.