Trong bản thảo Hồi ký được viết về thời gian ông bị những nghi vấn xung quanh chuyện bị địch bắt giam có tựa đề :"Khúc khuỷu đường đời", ông đã viết khá tường tận về chặng đường vất vả, gian truân để đi đến chân lý.
Trong khi dự kiến kiểm điểm ông Nguyễn Tài, rồi ra kết luận là 3 tháng và lời giải thích của một vị cán bộ cao cấp lúc đó: Ðình chỉ công tác đồng chí không phải là hình thức kỷ luật vì Ðiều lệ Ðảng không quy định, cũng không phải là cách chức mà chỉ là để tạo điều kiện cho đồng chí (Tài) tập trung thời gian kiểm điểm...
Với ông, đó quả là một cơn ác mộng. Thế nhưng, chính ông cũng đâu ngờ nó lại kéo dài tới 11 năm thì mới được Ðảng kết luận. Ông được minh oan, sau đó được phong tặng danh hiệu AHLLVTND (2002), được tặng thưởng Huân chương Hồ Chí Minh (2004).
Như bài viết kỳ trước đã đề cập, sau khi viết xong tường trình, ông Tài được vị cán bộ là Vụ trưởng của Ban Tổ chức Trung ương cho biết, việc này vị cán bộ được Trưởng Ban Tổ chức Trung ương giục xác minh sớm trước Đại hội IV.
Lý do vì vị cán bộ này thấy bản báo cáo cũ của ông Nguyễn Tài viết hồi tháng 5/1975, gửi Thường vụ Thành uỷ nơi ông hoạt động ngày đó thì nay có nhiều chỗ đánh máy sai khó hiểu. Ðiều này khiến chính ông Nguyễn Tài phải viết thư cho Trưởng ban Tổ chức Trung ương muốn được làm rõ vì sao bản đánh máy lại sai sót nhiều như thế mà lỗi đâu phải từ ông. Thế rồi lá thư này được chính vị cán bộ kể trên yêu cầu lưu vào hồ sơ của ông Nguyễn Tài mà Vụ Bảo vệ Ðảng là nơi lưu giữ ...
Ðặc biệt, có một lá thư nữa ông Nguyễn Tài gửi trực tiếp tới Thường trực Ban Bí thư, đến ngày 21/11/1977, Thường trực Ban Bí thư khẳng định rõ một vài điều, trong đó nổi lên 2 ý: Việc đình chỉ công tác không phải là một hình thức kỷ luật của Ðảng mà chỉ để giúp công tác thẩm tra được tập trung. Thứ nữa, với ông Tài thì đó cũng là điều cho thấy công việc của ông sau này có thể sẽ ở một lĩnh vực mới khác, không còn ở trong ngành Công an nữa...
Theo ông Nguyễn Tài, chính do ngay từ ban đầu, tổ chức đã quá tin vào "bản tài liệu mật"( bị dịch sai) không thẩm định lại mà đã suy xét không khách quan. Từ đó nảy sinh nghi vấn ông mà không có bộ phận thẩm định và phản biện thay ông cho thật khách quan, chỉ thiên về việc vận động ông, mong ông "thành thật thú tội"...
Thực tế, ông Nguyễn Tài trong thời gian bị địch bắt, do ở thế không khai gì có thể lại bất lợi hơn và cũng là kinh nghiệm mà một số đồng chí đã từng làm khi bị địch bắt. Ðó là khai cái gì kẻ địch thừa biết, đánh lạc hướng điều tra và nếu có khai thì địch cũng không khai thác thêm điều gì và không có hại cho cơ sở của mạng lưới An ninh T4 và Thảnh uỷ Sài Gòn. Do đó, ông cũng đã quyết định khai mình là đại uý tình báo (ông khai cụ thể "là tình báo" cũng là để sau đó, nếu địch có muốn khai thác thêm gì thì ông đã có lý do không thể khai . Bởi đã là tình báo hoạt động đơn tuyến, thường không biết ai với ai). Mục đích để đánh lạc hướng điều tra trong tình thế địch đã có bằng chứng.
Tuy nhiên, sau khoảng một năm rưỡi bị giam giữ thì ông mới thực sự bị lộ danh tính. Do có kẻ phản bội là một bác sĩ trong cơ quan ông nhận ra. Cũng từ đó, kẻ địch biết được và kết luận ông là nhân vật rất quan trọng của cộng sản Bắc Việt. Chúng đã khai thác ông, tra tấn ông không xong thì gợi ý mua chuộc, hứa hẹn vật chất. Còn ông vẫn một mực không thừa nhận mình là Trưởng ban An ninh T4 cũng như Cục trưởng trước khi vào Nam. Chúng theo dõi ông 24/24 giờ bằng những máy móc nghiệp vụ rất tinh vi, hiện đại của Mỹ ở thời điểm đó, nó được đặt sát bên cạnh buồng biệt giam. Tất nhiên, chúng cũng bất lực vì ông im lặng, dứt khoát không nhận thêm điều gì...
Trong nhiều năm, cơ quan bảo vệ Ðảng của Ban Tổ chức Trung ương khi báo cáo cho thượng cấp thì lãnh đạo Ban cũng cho rằng, "như vậy là anh Tài cũng có khai báo nhất định". Nhưng đó chỉ là khai báo nhằm đánh lạc hướng địch chứ không phải khai báo danh tính, chức vụ thật khi mình bị lộ...
Ông bị dằn vặt trong một thời gian dài khi bị nghi là CIA. Thế nhưng tuyệt nhiên người cán bộ an ninh kỳ cựu ấy vẫn không hề nao núng vẫn tiếp tục đấu tranh, kiên trì thuyết phục các đồng chí của ông một cách kiên quyết nhưng có lý. Ông đã chứng minh sự trung thành của mình trước Ðảng.
Đến ngày 31/7/1981, một kết luận mà ông chờ đợi mỏi mắt đã tới. Song ông không thể hài lòng với kết luận này vì có những điều bị nghi vấn vẫn lơ lửng nhất định chỉ do chưa thể xác minh.
Điều ông Nguyễn Tài đã không thể ngờ được ở chỗ, đã sau tới 7 năm nhận công tác qua các vị trí Phó Chủ nhiệm Uỷ ban Thanh tra Chính phủ (3 năm) và Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan (4 năm) theo sự động viên của các vị lãnh đạo cấp trên và bạn bè là "cứ nhận công tác đã rồi tính" mà việc kết luận chuyện của ông vẫn chưa được rõ ràng.
Sau Ðại hội VI, khi ông Nguyễn Văn Linh làm Tổng Bí thư, ông Tài hy vọng "nút thắt" sẽ được tháo gỡ với việc Tổng Bí thư sẽ cho ý kiến.
Ông hy vọng là bởi khi vào chiến trường công tác ở Trung ương Cục thì ông Nguyễn Văn Linh chính là phó Bí thư Trung ương Cục, là thủ trưởng của ông nên sẽ hiểu ông hơn. Mừng và hy vọng còn ở chỗ, chính ông Linh ngay từ rất lâu đã có không ít lần tâm sự với ông rằng, việc nghi vấn như vậy là không có cơ sở vì các anh ở ngoài Bắc không nắm sâu được công việc ở trong này...
Thế rồi, đúng như mong chờ của ông Nguyễn Tài, ông Nguyễn Văn Linh đã cho chỉ đạo, yêu cầu Ban Bí thư làm việc với Ban Tổ chức Trung ương để thống nhất ra kết luận mới. Ðó chính là kết luận 570 ngày 23/12/1988, do Thường trực Ban Bí thư Nguyễn Thanh Bình ký, đó có mấy điểm:
"1- Tài liệu làm căn cứ cho việc đình chỉ công tác đối với đồng chí Nguyễn Tài để thẩm tra là không đúng. Các vấn đề đề ra để thẩm tra trong thời gian bị địch bắt, qua thẩm tra từ năm 1977 đến nay đã làm rõ, không còn điều gì nghi vấn
2- Ðồng chí Nguyễn Tài đã có tinh thần chịu đựng sự tra tấn dã man của địch, khôn khéo đối phó với địch,bảo vệ được cơ sở và những bí mật của Ðảng mà mình biết.
3- Kết luận này thay cho các Kết luận 908 ngày 18/8/1979 và 5159 ngày 31/7/1981"
Vậy là đúng 11 năm đấu tranh nội bộ để sự thật và lẽ phải được chấp nhận là cả một thời gian rất dài trong đời một con người. Điều rất lạ là nó lại vô tình trùng khớp với 11 năm mà ông Nguyễn Tài vào chiến trường miền Nam hoạt động và bị địch bắt, tù đày.
Một ngẫu nhiên rất lạ nữa, đó là ông Nguyễn Tài bị địch bắt là ngày 23/12/1970. Ngày mà Ban Bí thư Khoá VI ký kết luận khôi phục lẽ phải và chân lý cho ông cũng lại đúng ngày 23/12/1988, nghĩa là tròn đúng 18 năm sau.
4 năm sau kết luận này, Ðảng, Nhà nước và lượng lượng An ninh nhân dân đã chính thức ghi nhận, đề nghị Nhà nước tặng thưởng danh hiệu Anh hùng Lực lượng Vũ trang Nhân dân cho nguyên Thứ trưởng Công an Nguyễn Tài vào năm 2002 khi ông đã 76 tuổi do có những đóng góp to lớn, đặc biệt xuất sắc trong cuộc kháng chiến chống Mỹ cứu nước.
Hành trình đi tìm chân lý được ông Nguyễn Tài ghi chép cẩn trọng thành nhật ký, nay đã trở thành bài học kinh nghiệm về nghiệp vụ bảo vệ Đảng? Ngay từ năm 1977 khi ông bị tổ chức nghi vấn có khai báo trong tù và có thể là CIA" cài cắm" sau khi chiến tranh kết thúc, ông đã ghi chép rất cẩn thận mọi ý kiến phát biểu của từng cá nhân, từng thời gian, không gian cụ thể. Các văn bản đơn thư ông trình bày gửi đi đâu đều được ông ghi vào nhật ký và lưu giữ cẩn thận.
Ðây cũng là kinh nghiệm làm việc của một cán bộ lãnh đạo chuyên về nghiệp vụ bảo vệ nội bộ trong ngành An ninh. Vì thế, nó chính là cơ sở để ông ghi chép những hồi tưởng đó từ những chuyện cũ một cách dễ dàng,chính xác nhất, để rồi sau hơn hai chục năm ,ông đã dùng nó để viết hồi ký .
Cố Thủ tướng Võ Văn Kiệt khi là Cố vấn Ban chấp hành Trung ương Ðảng đã đọc và góp ý cho cuốn hồi ký của ông Nguyễn Tài. Ông nhận xét rằng, qua câu chuyện của nguyên Thứ trưởng Công an Nguyễn Tài, chúng ta có thể rút ra các bài học kinh nghiệm bổ ích không chỉ cho công tác xây dựng lực lượng Công an Nhân dân mà cả cho công tác xây dựng Ðảng...