Trong vụ án Việt Á, bị can Nguyễn Văn Trịnh bị Viện kiểm sát truy tố về tội "Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ".
Cáo trạng thể hiện, năm 2020, Phan Quốc Việt, Chủ tịch Công ty Việt Á chiếm kết quả nghiên cứu tet xét nghiệm Covid-19 của Học viện Quân y bằng cách đăng ký lưu hành cho Công ty Việt Á. Doanh nghiệp này sau đó bán sản phẩm trên địa bàn cả nước với giá cao gây thiệt hại hơn 1.200 tỷ đồng gồm hơn 400 tỷ đồng là thiệt hại của Nhà nước.
Để làm được những việc trên, Phan Quốc Việt được sự giúp đỡ của Nguyễn Văn Trịnh, khi đó là Trợ lý Phó thủ tướng Chính phủ. Trong thời gian này, có một Phó thủ tướng được phân công làm Bí thư Ban cán sự đảng Bộ Y tế, điều hành công việc thuộc thẩm quyền của Bộ trưởng Bộ Y tế.
Bị can Trịnh còn giúp Công ty Việt Á loại đối thủ cạnh tranh bán tét xét nghiệm. Khi đó, Bộ Y tế có văn bản số 465 với nội dung: "Phân công ông Nguyễn Trường Sơn chỉ đạo các cơ sở y tế trên cả nước liên hệ Công ty Phù Sa để mua sinh phẩm xét nghiệm".
Phan Quốc Việt trao đổi với bị can Nguyễn Huỳnh, khi đó là Thư ký bị can Nguyễn Thanh Long (khi đó ông Long là Thứ trưởng Bộ Y tế). Việt và Huỳnh sau đó đến gặp Nguyễn Văn Trịnh nhờ bỏ nội dung "liên hệ Công ty Phù Sa" trong văn bản 465.
Nguyễn Văn Trịnh với vai trò Trợ lý Phó thủ tướng đã chỉnh sửa nội dung trên theo ý Phan Quốc Việt rồi chuyển lại cho Văn phòng Bộ Y tế ban hành văn bản mới, thay thế văn bản 465 nói trên.
Hành vi này Nguyễn Văn Trịnh đã giúp Phan Quốc Việt loại bỏ đối thủ cạnh tranh và cáo trạng xác định nó: "Có lợi cho Công ty Việt Á trong việc tiêu thụ tét xét nghiệm chuẩn bị sản xuất".
Ngoài ra, cáo trạng thể hiện bị can Trịnh có 4 sai phạm khác khi giúp Công ty Việt Á được cấp số đăng ký lưu hành sản phẩm tét xét nghiệm dù đây là thành quả nghiên cứu của Học viện Quân y, dùng vốn Nhà nước, do Nhà nước sở hữu. Những sai phạm này góp phần gây ra thiệt hại hơn 1.200 tỷ đồng trong vụ án.
Quá trình giúp Công ty Việt Á trái quy định pháp luật, Nguyễn Văn Trịnh được Phan Quốc Việt cảm ơn 2 lần với tổng số tiền 200.000 USD (tương đương hơn 4,5 tỷ đồng).