Vụ án xảy ra tại Công ty Việt Á do Phan Quốc Việt làm Tổng giám đốc được tách ra, gồm phần xảy ra tại Học viện Quân y do cơ quan tố tụng quân đội giải quyết. Các vi phạm khác không liên quan người của quân đội do công an điều tra theo thẩm quyền.
Ngày 29/12/2023, Tòa án Quân sự Thủ đô Hà Nội đã tuyên Phan Quốc Việt 25 năm tù cho 2 tội danh. Với 6 bị cáo còn lại, họ nhận mức án từ 4 – 15 năm tù, số này gồm 4 cựu sĩ quan thuộc Học viện Quân y (từ 4 – 12 năm tù) và Trịnh Thanh Hùng, cựu Phó vụ trưởng Vụ Các ngành Kinh tế - kỹ thuật, Bộ Khoa học Công nghệ (án 15 năm).
Ngày 3/1 tới, bị cáo Phan Quốc Việt và Trịnh Thanh Hùng lại bị xét xử tại TAND TP.Hà Nội do liên quan các sai phạm trong nghiên cứu, chuyển giao kit test Covid-19 rồi bán với giá cao. Cùng hầu tòa còn có các ông Chu Ngọc Anh, cựu Bộ trưởng Khoa học Công nghệ; Nguyễn Thanh Long, cựu Bộ trưởng Y tế và Phạm Xuân Thăng, cựu Bí thư Tỉnh ủy Hải Dương…
Trong cả 2 vụ do quân đội, công an điều tra, có chung một nội dung là Phan Quốc Việt đưa Công ty Việt Á vào "phối hợp" với Học viện Quân y, nghiên cứu kit test Covid-19 với chi phí hơn 18 tỷ đồng từ ngân sách.
Kết quả nghiên cứu thành công, kit test đạt tiêu chuẩn sử dụng và là của Nhà nước, do Bộ trưởng Khoa học Công nghệ đại diện sở hữu. Tuy nhiên, bị cáo Việt dùng kết quả này đăng ký lưu hành cho Công ty Việt Á, bán thương mại với giá cao, gây thiệt hại hơn 1.235 tỷ đồng (gồm 402 tỷ của Nhà nước, còn lại là của các cơ quan, tổ chức, cá nhân khác).
Trong vụ việc, cơ quan điều tra của quân đội và công an lại kết luận khác nhau về nguồn gốc kit test của Công ty Việt Á. Phía quân đội xác định sản phẩm này do bà Hồ Thị Thanh Thủy (vợ Phan Quốc Việt) tạo ra còn cơ quan điều tra Bộ Công an lại cho rằng Công ty Việt Á sản xuất dựa vào kết quả nghiên cứu của Học viện Quân y.
Cơ quan tố tụng thuộc quân đội xác định, sau khi được Bộ Khoa học Công nghệ giao đề tài, Học viện Quân y và Công ty Việt Á độc lập với nhau khi nghiên cứu bộ sinh phẩm PCR (kit test Covid -19).
Trong đó, phía Học viện Quân y tham khảo quy trình do WHO công bố rồi "tối ưu hóa". Đến ngày 9/2/2020, Học viện mới "bước đầu tìm ra quy trình chế tạo bộ sinh phẩm RT-PCR sử dụng gene đích là P và E".
Hôm sau (10/2/2020), Hồ Anh Sơn, thượng tá, cựu Viện phó Viện nghiên cứu y dược học quân sự (vừa bị tòa quân sự phạt 12 năm) ký biên bản bàn giao quy trình chế tạo bộ sinh phẩm RT-PCR và real time RT-PCR cho Công ty Việt Á để sản xuất.
Biên bản này không có nội dung chi tiết về công thức mồi và mẫu dò nên không đủ điều kiện sản xuất, cáo trạng của Viện kiểm sát quân sự thể hiện.
Trước đó 3 ngày, vào 7/2/2020, bà Hồ Thị Thanh Thủy đã "nghiên cứu xong quy trình, thành phần tạo nên kit gồm 11 hóa chất và đặt hàng mua hóa chất để sản xuất kit phát hiện virus SARS-CoV-2".
Bà Thủy nghiên cứu ra sản phẩm này từ tháng 1/2020, dựa vào tài liệu công khai trên mạng Internet của WHO, CDC Hoa Kỳ, sử dụng gene đích là N để phát hiện virus.
Ngày 21/2/2020, Hồ Anh Sơn và Phan Quốc Việt cho chạy thử 2 sản phẩm của Học viện Quân y và của Việt Á (do bà Thủy nghiên cứu ra). Kết quả cho thấy sản phẩm của Việt Á "có chất lượng tốt hơn" nên nó được mang đi báo cáo, nghiệm thu rồi sử dụng.
Cơ quan điều tra Bộ Công an lại có kết luận khác với phía quân đội về nội dung trên. Cụ thể, bản kết luận, đề nghị truy tố vụ án Việt Á (phần các bị cáo không liên quan quân đội) thể hiện, Phan Quốc Việt thường xuyên liên lạc với Hồ Anh Sơn về "quản lý đề tài và nghiên cứu đề tài".
"Trên cơ sở kết quả ban đầu về quy trình do Học viện Quân y nghiên cứu, gồm cả quy trình để phát hiện 3 gene E, P và N của virus Corona, Công ty Việt Á tiếp tục phối hợp, nghiên cứu, phát triển và ứng dụng để tối ưu hóa sản phẩm và đã sản xuất 20.000 test", kết luận điều tra của phía công an thể hiện.
Từ kết quả sản xuất thử nghiệm, Công ty Việt Á sử dụng mẫu bệnh phẩm của Học viện Quân y để tiến hành thử nghiệm thành công test xét nghiệm và được các cơ quan chuyên môn thông qua.
Phan Quốc Việt sau đó thông đồng với các bị can thuộc Bộ Y tế và Bộ Khoa học Công nghệ để đăng ký sản phẩm trên, cho Công ty Việt Á bán thương mại.
Tháng 3/2020, Bộ trưởng Khoa học Công nghệ khi đó là bị cáo Chu Ngọc Anh cùng cấp phó là Thứ trưởng Phạm Công Tạc chỉ đạo tổ chức họp báo, ra thông cáo thể hiện Bộ Y tế cấp phép sử dụng cho test của Công ty Việt Á.
Bị cáo Chu Ngọc Anh sau đó tặng bằng khen cho nhóm Phan Quốc Việt và chỉ đạo cấp dưới gửi văn bản, đề nghị Thủ tướng cùng UBND TP.HCM khen thưởng Công ty Việt Á.
Đáng chú ý, kết quả nghiên cứu kit test Covid được tạo ra bằng tiền Nhà nước, theo luật là do chính Chu Ngọc Anh với tư cách Bộ trưởng Khoa học Công nghệ làm đại diện sở hữu nhưng bị cáo này lại để Công ty Việt Á dùng kết quả đi sản xuất thương mại, bán kiếm lời.
Reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) là một phương pháp sinh học phổ biến được sử dụng để sao chép và tạo ra một lượng lớn các đoạn DNA từ một mẫu chứa RNA. Điều này thường được thực hiện để nghiên cứu và phân tích các gene hoặc messenger RNA (mRNA) trong mẫu cụ thể.
Còn Real-time Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (real-time RT-PCR) là một kỹ thuật phân tích gene và mRNA một cách chính xác theo thời gian thực. Nó kết hợp cả hai giai đoạn quan trọng: chuyển đổi ngược (reverse transcription) của RNA thành DNA và sau đó sao chép nhanh chóng của đoạn DNA cụ thể bằng PCR. Kỹ thuật này cho phép theo dõi số lượng DNA tăng lên theo thời gian, giúp xác định mức độ ban đầu của RNA mục tiêu trong mẫu ban đầu. Real-time RT-PCR thường được sử dụng trong nghiên cứu chuẩn đoán và nghiên cứu gene.