Để ứng phó với bão số 3, tức bão Yagi, Bộ Ngoại giao chỉ đạo các cơ quan đại diện ngoại giao tại Philippines, Trung Quốc liên hệ với các cơ quan sở tại để các nước tạo điều kiện cho tàu thuyền Việt Nam trú tránh và hỗ trợ cứu hộ nếu cần thiết.
Chiều 5/9, tại họp báo thường kỳ, trả lời câu hỏi của phóng viên về công tác bảo hộ công dân trong bối cảnh bão số 3, tức bão Yagi đang mạnh lên trên Biển Đông và chuẩn bị đổ bộ vào Việt Nam, Người phát ngôn Bộ Ngoại giao Việt Nam Phạm Thu Hằng cho biết: Ngày 5/9 Thủ tướng Chính phủ đã ký công điện chỉ đạo bộ ngành địa phương trung lãnh đạo, chỉ đạo, tổ chức kiểm tra, đôn đốc, triển khai thực hiện quyết liệt, kịp thời, hiệu quả công tác phòng ngừa, ứng phó với bão với tinh thần phải chủ động phòng ngừa, ứng phó ở mức cao nhất
Thực hiện chỉ đạo của Thủ tướng, Bộ Ngoại giao chỉ đạo các cơ quan đại diện ngoại giao tại Philippines, Trung Quốc liên hệ với các cơ quan sở tại để các nước tạo điều kiện cho tàu thuyền Việt Nam trú tránh và hỗ trợ cứu hộ nếu cần thiết.
Bộ Ngoại giao cũng gửi công hàm tới đại sứ quán Trung Quốc, Philippines tại Hà Nội đề nghị phối hợp với cơ quan chức năng của bạn hỗ trợ tàu thuyền Việt Nam khi cần thiết, cử người trực 24/24 để duy trì liên lạc với các cơ quan trong nước để ứng phó kịp thời với bão số 3.