Một trong những tác hại nghiêm trọng của đập Tam Hiệp là ngăn cản sự di chuyển tự nhiên của các loài cá trên sông Dương Tử. Môi trường sông Dương Tử cũng bị ảnh hưởng nghiêm trọng do việc xây dựng con đập.
Nhiều loài cá trên sông Dương Tử, đặc biệt là cá tầm đứng trước nguy cơ tuyệt chủng, không ít loài thủy sinh khác đã biến mất vĩnh viễn.