Vào khoảng thế kỷ thứ 9, một nhà sư có tên Kükai tự ướp xác mình trong một ngôi chùa trên núi Koya, thuộc tỉnh Wakayama. Nhà sư Kükai (774-835) còn là một học giả, nhà thơ, nghệ sĩ, và sáng lập ra giáo phái bí truyền Shingon (hay còn gọi là Chân ngôn tông của Phật giáo Nhật Bản).
Vào năm 835, nhà sư này bắt đầu ngừng ăn uống, và dành phần lớn thời gian để thiền định sâu suốt hai tháng cuối cùng của mình. Thi hài Kükai được chôn trên núi Koya ở tỉnh Wakayama. Một thời gian sau, khi khai quật mộ của nhà sư này, người xưa nhận thấy ông như thể đang say ngủ, làn da không thay đổi và thậm chí tóc mọc dài hơn một chút. Truyền thuyết kể rằng Kūkai chưa chết mà đã nhập vào một thế giới samadhi vĩnh cửu và vẫn còn sống trên núi Kōya, chờ đợi sự xuất hiện của một vị Phật tương lai.
Xác ướp sokushinbutsu có tên Shinnyokai-shonin trong đền Dainichibou có từ thế kỷ 18. Ảnh: Dainichibou.
Từ đó, những tín đồ Shingon bắt đầu thực hành thuật tự ướp xác sokushinbutsutheo Kükai, với mong muốn giác ngộ. Để bắt đầu quá trình tự ướp xác, các nhà sư sẽ áp dụng chế độ ăn kiêng nghiêm ngặt gọi là mokujikigyō, nghĩa là ăn cây. Thức ăn lấy từ những khu rừng gần nơi thực hành sokushinbutsu, gồm rễ cây, quả hạch, quả mọng, vỏ cây và lá thông.
Chế độ ăn kiêng này là bước đệm để bắt đầu biến đổi sinh học, loại bỏ mỡ và cơ, ngăn chặn quá trình phân hủy trong tương lai bằng cách tiêu đốt toàn bộ dinh dưỡng và độ ẩm cho cơ thể, giúp các nhà sư tập trung hơn vào thiền định. Quá trình này kéo dài ít nhất 1.000 ngày, đôi khi các thiền sư lặp lại hai đến ba lần để có thể chuẩn bị tốt nhất cho bước tiếp theo của sokushinbutsu.
Bắt đầu quá trình ướp xác, các nhà sư có thể uống một loại trà được ủ bằng urushi - nhựa của cây sơn. Chất độc từ nhựa cây có thể giúp cơ thể không bị côn trùng tấn công sau khi chết. Vào thời điểm này, các nhà sư chỉ uống một chút nước muối và tiếp tục thực hành thiền định. Khi cái chết đến gần, thiền sư sẽ nghỉ trong một hòm gỗ thông nhỏ chôn sâu khoảng 3 mét dưới đất. Một thanh tre nối lên mặt đất để dẫn oxy xuống hòm gỗ, còn nhà sư giữ lại một chiếc chuông nhỏ dùng để rung lên, thông báo cho rằng mình vẫn còn sống. Trong nhiều ngày, nhà sư ngồi thiền trong bóng tối hoàn toàn.
Khi tiếng chuông ngừng vang lên, các nhà sư trên mặt đất biết rằng vị thiền sư đã chết. Họ sẽ niêm phong ngôi mộ và để yên xác chết trong 1.000 ngày. Sau khi khai quật quan tài, các nhà sư theo dõi sẽ kiểm tra xem thi hài có dấu hiệu phân hủy hay không - nếu có, họ sẽ lại chôn hòm gỗ xuống đất. Nếu xác ướp còn nguyên vẹn, nhà sư quá cố sẽ được tôn thành Phật và đưa vào một ngôi đền để thờ cúng.
Ngày nay, không ai thực hành sokushinbutsu vì chính phủ Minh Trị đã ban lệnh hình sự vào năm 1877, coi nghi thức tự ướp xác này là lỗi thời và dị đoan. Nhà sư cuối cùng qua đời vì sokushinbutsu là Bukkai. Ông đã thực hiện nghi thức này một cách bất hợp pháp, và qua đời vào năm 1903. Đến năm 1961, các nhà nghiên cứu từ Đại học Tohoku khai quật hài cốt của vị cao tăng này. Hiện xác ướp Bukkai được trưng bày ở Kanzeonji, một ngôi chùa Phật giáo có từ thế kỷ thứ bảy ở tây nam Nhật Bản.
Mặc dù vẫn còn khoảng 28 xác ướp sokushinbutsu còn tồn tại ở Nhật, du khách chỉ có thể chiêm ngưỡng 16 trong số đó. Nổi tiếng nhất là xác ướp nhà sư Shinnyokai Shonin trong đền Dainichibou trên núi Yudono linh thiêng, thuộc tỉnh Yamagata. Phần lớn nhà sư trải qua quá trình tự ướp xác đã dành những ngày cuối đời gần ngôi đền này. Những xác ướp sokushinbutsu khác có thể được tìm thấy ở đền Nangakuji, ngoại ô thành phố Tsuruoka và đền Kaikokuji ở thành phố nhỏ Sakata, Yamagata.