Khi những thiệt hại đang được thống kê thì một thực tế cho thấy, tác động lâu dài của cơn bão để lại đã gây ra những hậu quả nghiêm trọng cho ngành nông nghiệp Philippines.
Bão Haiyan đã càn quét ở những nơi sản xuất ¼ sản lượng gạo của Philippines, điều này đã hạn chế khả năng tự cung tự cấp gạo của Philippines.
Một ngôi làng trồng lúa ở Philippines tan hoang sau bão.
Một thống kê ban đầu cho thấy, ước tính 131.611 tấn lúa, chiếm 2% sản lượng thu hoạch của quý IV của nông dân Philippines đã bị mất trắng do hậu quả của cơn bão
Haiyan. Philippines là nước có lượng tiêu thụ gạo lớn nhất thế giới tính theo bình quân đầu người. Trong 5 năm qua, nhập khẩu gạo ở Philippines đã giảm kể từ khi chạm mức kỷ lục 2,6 triệu tấn trong năm 2008. Trước khi cơn bão Haiyan ập đến, Bộ Nông nghiệp Philippines ước tính sẽ nhập khoảng 1,5 triệu tấn trong niên vụ 2013/2014. Tuy nhiên giờ đây những hậu quả mà bão Haiyan để lại sẽ khiến lượng gạo nhập khẩu của Philippines tăng lên rất nhiều.
Bộ trưởng Nông nghiệp Philippines Proceso J.Alcala cho biết Bộ đã chuẩn bị hạt giống cho việc tái canh cây trồng vụ palay. Số hạt giống này sẽ được cung cấp cho các trang trại bị phá hủy hoàn toàn. Hiện tại, Bộ Nông nghiệp vẫn còn 300.000 tấn hạt giống dự phòng trong tổng số 600.000 tấn dành riêng để ứng phó với thiệt hại nông nghiệp trong hoàn cảnh thiên tai. Tuy nhiên, số hạt giống dự phòng hàng năm cho vụ palay của Chính phủ Philippines chỉ đáp ứng nhu cầu hạt giống cho khoảng 400.000ha đất canh tác, chiếm 1/10 trong tổng diện tích canh tác lúa gạo ở nước này.
Ngoài lúa gạo, các ngành công nghiệp khác như mía đường, dừa của Philippines cũng thiệt hại nặng nề. Bão Haiyan cũng tàn phá ở những khu vực chủ yếu trồng cây mía để sản xuất đường. Theo ước tính sơ bộ, những cây mía bị bật gốc đã gây thiệt hại phá hủy 120.000 tấn đường, khiến Bộ Thương mại Philippines đã giảm hạn ngạch xuất khẩu đường sang Mỹ.
Ngành công nghiệp dầu dừa của Philippines lớn thứ 3 trên thế giới, sau Ấn Độ và Indonesia, mặc dù chưa có thống kê về thiệt hại, nhưng ước tính con số bị phá hủy cũng rất nặng nề.
Cho đến nay, mọi thiệt hại về kinh tế và con người đều đang được xác minh và thống kê, tuy nhiên, ngành nông nghiệp vốn chiếm 11,1% GDP của Philippines đang phải gồng mình để gượng dậy sau cơn bão hủy diệt Haiyan. Chính phủ nước này ước tính con số thiệt hại từ các trang trại đã lên đến 3,7 tỷ peso (85 triệu USD), tuy nhiên, con số thiệt hại cuối cùng được dự báo sẽ cao hơn rất nhiều lần.