Cụ thể, các dự án đầu tư xây dựng tại khu kinh tế này đều kéo dài so với thời gian phê duyệt ban đầu, nhiều lần điều chỉnh thời gian phê duyệt. Ba công trình đường giữa khu phi thuế quan-khu đào tạo, đường ven sông Thừa Lưu và đường trung tâm Khu đô thị Chân Mây một số khối lượng thực tế thi công tại công trình không đúng với bản vẽ hoàn công, khối lượng nghiệm thu thanh quyết toán vượt so với bản vẽ hoàn công... Trong đó, một số công trình đã nghiệm thu nhưng nhiều vị trí bị lún, không có gạch lát vỉa hè.
6 đơn vị khai thác khoảng sản tại đây kê khai không đúng so với sản lượng thực tế, sai đơn giá tính phí bảo vệ môi trường và phí tài nguyên, gây thất thoát gần 900 triệu đồng. Ngoài ra, nhiều công ty khai thác khu vực này chưa có hợp đồng thuê đất, chưa đóng tiền thuế đất…