Hàng loạt đơn vị tư vấn, thi công bị trừ điểm trong danh sách xếp hạng và đăng tải rộng rãi các vi phạm. Cụ thể: TCTy Tư vấn thiết kế giao thông vận tải và các đơn vị thầu phụ, Tư vấn giám sát (Công ty QCI – Cộng hòa Cu Ba), các đơn vị thi công (Cienco1, TCty xây dựng Trường Sơn, Vinaconex, Công ty Phương Thành, Công ty CTCP TĐXD Thăng Long, Công ty CTCP 479, Công ty TNHH MTV Xây dựng cầu 75, Cienco 4, Cienco 5, Cienco 6, Cienco 8, Công ty Vạn Cường và các đơn vị thầu phụ).
Bên cạnh đó, Bộ GTVT thống nhất cấm Cty QCI- Cộng hòa Cu Ba và đơn vị thí nghiệm (thuộc Công ty TNHH Tư vấn công nghệ thiết bị và kiểm định xây dựng, Công ty TNHH xây dựng công trình giao thông 481) tham gia các dự án do VEC làm chủ đầu tư trong thời gian 2 năm. Đối với 10 kỹ sư tư vấn nước ngoài, thống nhất không để tiếp tục quay lại làm giám sát tại công trình giao thông ở Việt Nam.
Về xử lý kinh tế, Bộ GTVT yêu cầu VEC tiếp tục tiến hành thu hồi, giảm trừ số tiền 2.105 tỷ đồng ngoài số tiền mà Kiểm toán Nhà nước đã nêu trong Thông báo số 28/TB-KTNN ngày 16.1.2014. Trong đó, giảm trừ giá trị thanh toán hạng mục bê tông nhựa chặt hạt mịn do thi công chưa đảm bảo chiều dày thiết kế tại gói thầu với diện tích phải xử lý là 11.117 m2 tương ứng với số tiền 998,7 triệu đồng; giảm trừ 50% chi phí lập tổng mức đầu tư điều chỉnh của dự án (khoảng 1 tỉ đồng) khi thanh toán cho TEDI; Thu hồi chi phí giám sát của Cty QCI.