Tuy nhiên, hiện trên khu vực dự án đi qua thị xã Dĩ An, tỉnh Bình Dương vẫn còn 4 doanh nghiệp, thuộc phạm vi Dự án bến xe Miền Đông mới, chưa được bồi thường giải tỏa để bàn giao mặt bằng cho nhà thầu thi công.
Với thời hạn bàn giao mặt bằng kéo dài như trên sẽ phát sinh chi phí bồi thường cho nhà thầu khoảng 2,5 tỷ đồng/ngày và ảnh hưởng đến tiến độ chung của dự án.
Theo báo cáo của UBND thị xã Dĩ An (Bình Dương), khó khăn trong công tác bồi thường, giải phóng mặt bằng là do có phát sinh tranh chấp khiếu nại về quyền sử dụng đất của 3 doanh nghiệp: Công ty TNHH Ngọc Điệp, Công ty TNHH Nhật Nam, Công ty TNHH Đại Thành.
Đất của các doanh nghiệp này nằm trong lằn ranh giao đất giữa Dự án xây dựng đường sắt đô thị số 1 TP.HCM, tuyến Bến Thành - Suối Tiên thuộc Ban quản lý Đường sắt đô thị thành phố và Dự án bến xe Miền Đông mới.
Việc này đã ảnh hưởng nghiêm trọng đến tiến độ thực hiện dự án đã cam kết với nhà tài trợ.
UBND TP.HCM đã đề nghị Tòa án nhân dân Tối cao sớm xét xử đối với trường hợp 3 doanh nghiệp nêu trên, hiện đang đợi xử phúc thẩm, giúp các doanh nghiệp này và các cơ quan, đơn vị chức năng liên quan có cơ sở tiến hành bồi thường, di dời và bàn giao mặt bằng.