Tình trạng đó dẫn đến nợ quá hạn tại nhiều tổng công ty, tâp đoàn như Tổng Công ty Điện lực dầu khí là 9.650 tỷ đồng, Cienco 1 là hơn 558 tỷ đồng, Lilama hơn 482 tỷ đồng, Tổng Công ty Hàng không Việt Nam hơn 186 tỷ đồng... Bên cạnh đó là nợ khó đòi như Công ty cổ phần Xăng dầu Dầu khí Sài Gòn thuộc Tổng Công ty Dầu khí Việt Nam hơn 35 tỷ đồng, Licogi hơn 201 tỷ đồng...
Một số tập đoàn, tổng công ty đầu tư tài chính không đúng quy định theo thông tư của Bộ Tài chính dẫn đến đầu tư không hiệu quả hoặc hiệu quả thấp, nhiều công ty con, công ty liên kết kinh doanh thua lỗ, mất vốn. Một số tập đoàn, tổng công ty đang quản lý và sử dụng diện tích đất đai lớn nhưng còn để đất không hoặc chưa sử dụng như Tổng Công ty 319 có gần 6.300m2 đất tại số 1 đường Khuất Duy Tiến (Hà Nội), Tập đoàn Bưu chính Viễn thông Việt Nam hơn 263.000m2, Vinatex gần 27.000m2, Seaprodex hơn 30.000m2....
Kết quả kiểm toán còn chỉ ra hầu hết các tập đoàn, tổng công ty có đầu tư xây dựng, kinh doanh bất động sản đều có dự án triển khai chậm hoặc kéo dài nhiều năm làm giảm hiệu quả đầu tư như Tổng Công ty Địa ốc Sài Gòn một số dự án được giao từ trước năm 2002 nhưng đến thời điểm kiểm toán chưa hoàn thành; Cienco 5 có 7/7 dự án kinh doanh bất động sản được chọn kiểm toán đều chậm tiến độ; Tổng Công ty Đầu tư phát triển hạ tầng đô thị có dự án hạ tầng kỹ thuật khu đô thị đông nam đường Trần Duy Hưng (Hà Nội) chậm 8 năm so với quyết định phê duyệt dự án ban đầu.