Trong khi đó, theo sử cũ, Mạc Đăng Dung quê ở làng Cổ Trai, huyện Nghi Dương. Mà làng này, xưa (thế kỷ 15, 16) có vị trí khá bằng phẳng, gần biển, gần sông nên rất thuận tiện giao thương đường thủy. Trước mặt làng có sông Đa Độ bắt nguồn từ cửa sông Văn Úc, xuôi về Thăng Long.
Tương truyền, tại bến đò của làng có quán hàng nước của thân mẫu Mạc Đăng Dung (vị vua mở đầu triều Mạc). Bà sống hiền lành, cơ chỉ và không ham của cải, nên một thầy địa lý giỏi đã trả ơn bằng cách đặt mộ cha Mạc Đăng Dung ở Gò Gạo, là đất đế nghiệp... vì thế Mạc Đăng Dung mới có cơ trở thành đế vương sau này.
Cũng giống như các triều vua trước, mỗi khi lập được đế nghiệp thường hướng về quê hương nơi phát tích, nơi có nhà cửa, dòng họ và lăng mộ tổ tiên, nhà Mạc ngay khi mới lên cầm quyền đã hướng về Cổ Trai - Dương Kinh. Song, Dương Kinh không chỉ là quê hương, căn cứ địa, là nơi có lăng phần liệt thánh để tôn vinh dòng họ, mà còn có ý nghĩa hết sức quan trọng đối với Vương triều Mạc, nó nổi lên như một kinh đô thứ hai có ý nghĩa sống và mang tính chất như một đô thị ven sông, ven biển đầu tiên của Việt Nam. Chính vì vậy, quy mô và kiến trúc của thành cũng được đặc biệt chú ý.
Dương Kinh có hệ thống cung điện, lầu các có quy mô đồ sộ như: Các Dương Tự, điện Tường Quang, Phúc Huy, phủ Quốc Hưng, đồn binh, kho lương, và cả một trường Quốc học song song với Quốc Tử Giám tại Thăng Long. Ngoài ra, nhà Mạc còn cho xây dựng một số thương cảng trên bến, dưới thuyền, làm nơi giao lưu hàng hóa như phố Lỗ Minh Thị, An Quý, Do Nha.
Ngoài những công trình kiến trúc chính, phục vụ sinh hoạt và thiết triều, các lăng mộ ở Cổ Trai cũng được chú trọng xây dựng, sửa chữa. Mạc Đăng Dung đã cho sửa mộ cha thành lăng, tôn thân phụ làm Chiêu Tổ Quang Lịêt Cơ Mệnh Hoàng đế, thân mẫu Đặng Thị làm Hoàng Thái hậu. Thân mẫu của Đăng Dung khi mất được mai táng ở Thuỵ Lăng, bản thân Mạc Đăng Dung khi mất được mai táng ở Long Sơn, gọi là An Lăng. Đến thời Lê Quý Đôn, khu lăng mộ nhà Mạc ở Cổ Trai được gọi là xứ Mả Lăng...