Cụ thể, đường bay Phú Quốc-Singapore sẽ khai thác với tần suất 2 chuyến/tuần bằng máy bay A321 và đường bay Phú Quốc-Siem Reap (Campuchia) khai thác với tần suất 3 chuyến/tuần bằng máy bay ATR 72.
Bên cạnh 2 đường bay quốc tế mới của Vietnam Airlines, từ 1.11.2014 đến 27.4.2015, để đáp ứng nhu cầu của khách du lịch Nga đến Phú Quốc, hãng du lịch Pegasus sẽ tăng tần suất khai thác lên 186 lượt chuyến bay, tương đương với 30 lượt chuyến/tháng và bắt đầu khai thác đường bay Moscow-Phú Quốc.
Ngoài ra, hãng du lịch Hanjin Travel (Hàn Quốc) cũng có kế hoạch khai thác từ 2 đến 4 lượt chuyến/tuần đi và đến Phú Quốc bằng máy bay của Asiana Airlines.
Hiện có 3 hãng hàng không trong nước là Vietnam Airlines, VietJet Air và Jetstar Pacific đang khai thác các đường bay nội địa từ Phú Quốc đi Hà Nội, Cần Thơ, TPHCM và ngược lại.
Đường bay quốc tế đến Phú Quốc mới chỉ có hãng hàng không IKAR đưa khách từ Nga đến Phú Quốc với tần suất 1 chuyến/tuần.
Từ đầu năm đến nay, lượng hành khách và hàng hóa thông qua sân bay Phú Quốc tăng cao. 8 tháng năm 2014, sân bay Phú Quốc đã đón 5.632 lượt chuyến bay, phục vụ 666.185 lượt hành khách, bằng 97,3% sản lượng hành khách cả năm 2013, và đạt 90% kế hoạch của năm 2014. Vào ngày cao điểm, sân bay phục vụ 40 lượt chuyến bay với 4.602 lượt hành khách.
Dự kiến, năm 2014, sản lượng hành khách thông qua sân bay Phú Quốc sẽ đạt 1 triệu lượt khách, tăng 45% so với năm 2013.