Theo báo cáo của Sở TNMT tỉnh, 2 công ty đang thực hiện dự án này (Công ty CP Công ty CP Đầu tư Cái Mép và Công ty CP xây dựng và phát triển Môi Trường Xanh) đã không thực hiện đúng theo phương án được phê duyệt.
Giai đoạn 1, lẽ ra thực hiện tại khu A thì Công ty Cái Mép lại làm ở khu B, đặc biệt là tại cồn Ké là vùng chồng lấn giữa vùng nước quân sự và dân sự, nơi dân đang nuôi trồng thủy sản. Ngoài ra, 2 công ty này chưa thực hiện chương trình giám sát môi trường, cũng như các biện pháp bảo vệ môi trường như trong ĐTM (đánh giá tác động môi trường) đã được phê duyệt.
Sở TNMT yêu cầu chủ đầu tư và cơ quan chuyên môn kiểm tra, giám sát kết quả nạo vét, đo địa hình đáy sau thời gian thi công theo tiến độ, báo cáo đến nay đã nạo vét được bao nhiêu mét khối. Sở TNMT Khánh Hòa cũng đề nghị UBND tỉnh cho phép bố trí bổ sung mạng lưới giám sát môi trường gần khu vực nuôi trồng thủy sản để giám sát chất lượng mặt nước trong 2 tháng (từ tháng 5 đến tháng 7.2015) với tần suất và vị trí dày hơn ĐTM được duyệt (2 tuần/lần, thay cho 3 tháng/lần), kinh phí giám sát do hai công ty chi trả. Sở này đồng thời yêu cầu 2 công ty hỗ trợ di dời lồng, bè của dân bị ảnh hưởng bởi dự án rồi mới thực hiện nạo vét.
Chủ trì cuộc họp, ông Lê Đức Vinh - Phó Chủ tịch UBND tỉnh đề nghị chủ dự án xác định phạm vi ranh giới vùng dự án, vùng ảnh hưởng của dự án, để thông báo cho dân biết. Tiếp theo, phối hợp địa phương kiểm đếm tất cả những phương tiện vật tư liên quan lồng bè nuôi trồng thủy sản trong phạm vi dự án để hỗ trợ di dời và công bố công khai... Sở TNMT giám sát theo báo cáo ĐTM, lấy mẫu, quan trắc trong quá trình thực hiện dự án đảm bảo minh bạch. Đề nghị trước 15.5, hai đơn vị thi công phải lập xong phương án chi tiết, thời gian nào, việc gì, bao nhiêu phương tiện, nhân lực... trình phê duyệt để họp dân công bố công khai rồi mới tiếp tục thực hiện dự án.