Nhưng không phải chuyện gì ông cũng được phép tiết lộ với báo chí. Mặc dù vậy, những gì báo chí biết được về khoảng thời gian ông làm việc cho CIA cũng đủ để người ta nhìn nhận về một điệp viên mà cộng đồng tình báo Mỹ gọi là “cây cổ thụ”.
Từ cao điểm Chiến tranh Lạnh, cuộc chiến Yom Kippur đến vụ Iran-contra và cuộc chiến chống khủng bố sau sự kiện khủng bố ngày 11.9.2001, sự nghiệp tình báo của Charlie Allen trải dài suốt 51 năm. Ở CIA, Allen nổi tiếng là một người làm việc không biết mệt, thường xuyên bắt đầu làm từ 5 giờ 30 phút sáng cho đến 9 giờ tối, làm việc 80 tiếng một tuần, suốt năm này qua tháng nọ, và hiếm khi nghỉ phép năm.
Thế cho nên, khi ông nghỉ hưu, rất nhiều người trong CIA cảm thấy thật khó tin. Trong cuộc đời sự nghiệp của Allen có nhiều khoảng trống khó hiểu mà ông không thể giải thích với người khác.
Charlie Allen.
Ông chỉ nói ngắn gọn rằng đó là những lúc ông tham gia vào “những dự án bí mật quốc gia”, như giai đoạn 1980-1982. Ngoài những “dự án bí mật” đó, Allen có thể chia sẻ với mọi người về cuộc đời sự nghiệp tình báo của ông, từ chuyện CIA đào đường hầm bí mật gián điệp Đông Berlin cho đến việc sử dụng mạng xã hội Twitter để theo dõi vụ tấn công khủng bố ở thành phố Mumbai, Ấn Độ vào năm 2008.
Tên tuổi của Allen lần đầu xuất hiện trên báo chí trong thời gian xảy ra vụ Iran-contra khi ông “thổi còi” hành động tài trợ chống quân du kích cánh tả ở Nicaragua của chính quyền Tổng thống Ronald Reagan. Allen tham gia trong phần “Iran” của vụ việc, theo đó Mỹ bí mật bán tên lửa cho Tehran để đổi lấy việc Iran thả các con tin người Mỹ. Ông phát hiện có cái gì đó không đúng trong sổ sách kế toán. Allen được ca ngợi vì hành động tố giác cái sai, nhưng lại bị CIA khiển trách vì “không sớm tố giác hành vi sai trái”.
Allen gia nhập CIA vào năm 1958, ngay sau khi tốt nghiệp đại học. Allen kể, khi sắp tốt nghiệp đại học, ông đến văn phòng giới thiệu việc làm của trường Đại học Bắc California-Chapel Hill để tìm việc làm, đến giờ thì ông không còn nhớ ai đó đã nói với ông nên “suy nghĩ” làm việc cho CIA.
Nghe có vẻ hấp dẫn, và thế là Allen tìm đến làm việc cho CIA. Lúc đó là cao điểm Chiến tranh Lạnh, cho nên chưa được một tuần sau khi gia nhập CIA, Allen đã nhận ngay nhiệm vụ đọc và tổng hợp thông tin tình báo gửi về từ Đường hầm Đông Berlin. Đó là một chiến dịch tình báo quy mô lớn, trong đó CIA đã đào một đường hầm bên dưới Đông Berlin để đấu nối nghe lén vào dây cáp liên lạc viễn thông của Liên Xô. Tuy nhiên, cả Allen lẫn CIA khi đó đều không hay biết rằng Liên Xô đã biết được việc có thể bị CIA cho người nghe lén mình nên đã đề phòng trước.
Mùa thu năm 1962, Allen 27 tuổi, đã là một chuyên viên phân tích của CIA phụ trách việc theo dõi các tên tuổi kỹ sư tên lửa của Liên Xô. Bỗng một nhiệm vụ cấp bách ập đến. Tổng thống Mỹ John R. Kennedy đang “nghiên cứu một cuộc xâm lược Cuba” nhằm vô hiệu hóa một địa điểm tập kết tên lửa hạt nhân quan trọng của Liên Xô nằm sát cạnh sườn Mỹ. Washington xem đó như là một “mối đe dọa thường trực”, khiến ăn ngủ không yên. “Tôi được phân công vào một nhóm nhân viên phân tích có nhiệm vụ hoạch định một chính phủ mới ở Cuba sau khi Mỹ xâm lược” – Allen kể.
Thế là ông nhanh chóng bắt tay vào sàng lọc các hồ sơ lưu trữ về người Cuba để tìm người thích hợp đặt vào vị trí quyền lực. Tuy rằng kế hoạch đã không được triển khai thực hiện vì những lý do khách quan lẫn chủ quan, nhưng đó là lần đầu tiên trong sự nghiệp tình báo tại CIA, Allen tham gia vào một cuộc khủng hoảng an ninh quốc gia mang tầm vóc lịch sử.
Sau sự kiện Cuba năm 1962, Allen lại âm thầm thực hiện nhiệm vụ phân tích tình báo tại CIA. Sự tận tụy trong công việc đã giúp Allen dần được đưa lên các vị trí lãnh đạo trong cơ quan tình báo này. Đến thập niên 70 thế kỷ XX, Allen đã được cất nhắc lên chức Trưởng phòng Nghiên cứu Chiến lược (OSR) của CIA.
Tuy nhiên, cho dù có quyền tiếp cận những bí mật đắt giá nhất của CIA, cũng không dễ dàng cho Allen trong những tình huống cần sự quyết định nhanh chóng. Sau này, Allen kể với báo chí rằng vào đêm 5.10.1973, tức đêm trước cuộc chiến Yom Kippur 1973, Allen hoàn tất lần cuối bản báo cáo tình báo hàng ngày sẽ trình Tổng thống Richard Nixon vào sáng hôm sau.
Khi rời văn phòng làm việc, Allen phát hiện có một báo cáo mật với nội dung “các lực lượng Arập đang báo động cao độ”. Lẽ ra Allen nhấc điện thoại và gọi ngay cho sếp mình để báo cáo nhanh thông tin trên, nhưng ông đã không làm thế. Hôm sau, Ai Cập và Syria đã phát động cuộc tấn công bất ngờ nhằm vào Israel, gây tổn thất nặng nề. Tổng thống Nixon khiển trách CIA vì đã để cho “chúng ta bị bất ngờ trước cuộc tấn công”. Thất bại đó đã ám ảnh Allen suốt nhiều chục năm sau cuộc chiến.
Với vai trò dự báo tình báo, Charlie Allen đã có dự báo đúng trước khi cuộc chiến Yom Kippur nổ ra.
Gần 20 năm sau cuộc chiến Yom Kippur, năm 1990, Tổng thống Iraq Saddam Hussein triển khai quân đội gần biên giới Kuwait, Allen không muốn lặp lại sai lầm như 20 năm trước, và lần này chính ông là sĩ quan tình báo quốc gia đầu tiên cảnh báo về tình hình chiến tranh biên giới Iraq-Kuwait. Trong vài tuần lễ liền, Allen liên tục đưa ra lời cảnh báo về việc Iraq chuẩn bị xâm lược Kuwait.
Nhưng lời cảnh báo của ông không được các sếp chú ý. Rốt cuộc khi thông điệp cảnh báo chiến tranh của Allen đến được Bộ Ngoại giao, các chuyên gia phân tích ở đó bác bỏ ngay lập tức, cho rằng đó là “trò thổi phồng của CIA”. Vài giờ sau, tin tức lan truyền trên truyền thông cho biết Iraq đã xâm lược Kuwait. Sự việc đó là “điềm báo” cho những bất trắc sắp xảy đến trong sự nghiệp của Allen.
Vào năm 1991, khi chiến dịch không kích Iraq mang tên “Bão sa mạc” tiến hành được khoảng 6 tuần, Allen phối hợp cùng các sĩ quan tham mưu của Không quân nghiên cứu lựa chọn mục tiêu để ném bom. Allen và các đồng nghiệp CIA nghi vấn một tòa nhà có tên gọi là “Điểm ẩn náu công cộng số 25” nằm trong khu Amiriyah của Baghdad.
Theo bản đồ của CIA lúc đó thì tòa nhà này là một trung tâm điều hành hoạt động bí mật của Cơ quan tình báo Iraq Mukhabarat. Allen đã thúc giục không quân ném hai quả bom điều khiển bằng tia laser trúng hầm trú ẩn. Kết quả là hàng trăm dân thường trú ẩn bên trong thiệt mạng. Đó là thời khắc khó khăn nhất và là tội lỗi không thể nào gột rửa trong cuộc đời sự nghiệp của Allen.
Charlie Allen là người thúc đẩy quyết liệt việc trang bị máy bay không người lái tấn công để truy tìm và diệt Osama bin Laden.
Cho đến năm 1998, Allen dần chuyển sang làm việc nhiều hơn trong các vấn đề về khủng bố. Ông làm Trợ lý cho Giám đốc CIA George Tenet, được phân công phụ trách điều phối công tác thu thập tình báo của cộng đồng tình báo trong cuộc chiến chống trùm khủng bố Osama bin Laden. Mạng lưới khủng bố của Bin Laden đã thực hiện hai vụ đánh bom đại sứ quán Mỹ ở châu Phi vào tháng 8.1998.
Allen và đồng nghiệp Richard Clarke tổ chức một cuộc họp bao gồm các chuyên gia về mạng lưới khủng bố Al-Qaeda của cả nước, và cuộc họp đã đi đến kết luận Bin Laden có thể có một nơi trú ẩn ở một thung lũng của Afghanistan mà các vệ tinh do thám của tình báo Mỹ không thể phát hiện được. Khu vực đó được gọi là Tora Bora, sau này trở nên nổi tiếng vì là nơi trú ẩn an toàn của ông trùm Bin Laden sau khi Mỹ đưa quân vào Afghanistan.
Cựu Giám đốc CIA George Tenet.
Allen có một phương án mới. Ông đưa ra giới thiệu một mẫu máy bay không người lái “săn mồi” được gọi là Predator. Nhưng việc triển khai những chiếc Predator này trên toàn bộ lãnh thổ Afghanistan là vấn đề nan giải, thậm chí đổ máu. Mùa thu năm 2000, hình ảnh video từ một chiếc máy bay không người lái truyền về cho thấy một người đàn ông to cao, để râu quay nón.
Các nhà phân tích tình báo đều cho đó là Osama bin Laden. Thế là Allen lại thúc giục việc trang bị tên lửa cho Predator. Mùa hè 2001, Allen đẩy mạnh cuộc săn lùng ông trùm khủng bố, bảo các đồng nghiệp rằng “chúng ta phải tấn công ông ta “trước khi bị ông ta tấn công”. Vài tuần sau vụ khủng bố ngày 11.9, máy bay không người lái có vũ trang Predator rốt cuộc cũng được triển khai để săn lùng khủng bố tại Afghanistan và Pakistan.
Sau sự kiện khủng bố ngày 11.9.2001, nước Mỹ phát động một cuộc chiến chống khủng bố toàn cầu. Để phục vụ cho cuộc chiến này, Luật Yêu nước (Patriot Act) đã được Tổng thống George W. Bush ký ban hành vào ngày 26.10.2001.
Kèm với đó là việc thành lập Bộ An ninh nội địa (Department of Homeland Security - DHS). Thời điểm này, Allen phụ trách điều phối các nỗ lực thu thập tình báo cho cả cộng đồng tình báo Mỹ. Công việc của Allen là xác định phương án để triển khai mạng lưới các vệ tinh tình báo, các hệ thống nghe lén và tình báo con người để săn lùng các mục tiêu khủng bố.
Năm 2005, Allen rời CIA để đến làm việc tại DHS, lúc này đang “rối như canh hẹ”. Allen được phép mang theo một số nhân viên ở CIA đến DHS để giúp ông ổn định tình hình, sắp xếp lại hoạt động thu thập tình báo chống khủng bố tại Bộ này. Ở DHS, Allen làm Trợ lý Bộ trưởng và được giao lãnh đạo Văn phòng Tình báo và Phân tích trực tiếp báo cáo cho Bộ trưởng An ninh nội địa.
Với vai trò này, Allen điều phối công tác thu thập tình báo của cộng đồng tình báo Mỹ, công việc mà ông đã từng làm khi còn ở CIA. Năm 2009, khi đã 74 tuổi, ông mới thật sự “nghỉ hưu”, chính thức rời khỏi guồng máy an ninh quốc gia, rời khỏi cộng đồng tình báo mà ông gắn bó suốt cuộc đời sự nghiệp.
Khi đã rời khỏi cơ quan chính phủ, Allen cũng không còn được sử dụng các thiết bị được cài đặt chế độ an ninh bảo mật cao, như chiếc điện thoại để bàn bảo mật mà ông đã sử dụng tại nhà riêng ở Bắc Virginia suốt nhiều thập niên.