Lý do kỷ luật là bởi ông Hoàng Hồng Giang đã vi phạm quy định trách nhiệm người đứng đầu trong việc để xảy ra tham nhũng tại Cục Đường thủy nội địa Việt Nam.
Như đã thông tin, trong các năm 2015-2016, một số cá nhân từng làm việc tại Ban Quản lý dự án đường thủy nội địa hoặc đang công tác tại Cục Đường thủy nội địa Việt Nam đã đứng ra thu 5 đến 20% giá trị một số gói thầu của hàng chục công ty trúng thầu để lập “quỹ đen”.
Kỷ luật Cục trưởng Đường thuỷ nội địa Hoàng Hồng Giang để xảy ra tham nhũng.
Đầu tháng 3/2019, Cơ quan Cảnh sát điều tra (C01 - Bộ Công an) đã bắt tạm giam Trần Đức Hải (nguyên Phó Cục trưởng Cục Đường thủy nội địa Việt Nam) để điều tra về hành vi “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
Trước đó, ngày 30/10/2018, C01 đã tống đạt quyết định khởi tố bị can, bắt tạm giam đối với Phạm Văn Thông (nguyên Giám đốc Ban Quản lý dự án đường thủy nội địa - Cục Đường thủy nội địa) để điều tra về hành vi “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
Ngày 29/12/2018, C01 đã ra Quyết định khởi tố bị can, thi hành Lệnh bắt bị can để tạm giam và khám xét chỗ ở, nơi làm việc đối với Vũ Mạnh Hùng (Quyền Trưởng phòng Kế hoạch - Đầu tư thuộc Cục Đường thủy nội địa Việt Nam) về hành vi “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
Liên quan đến sự việc này, Bộ GTVT cũng đã xác minh và kết luận thông tin việc lập "quỹ đen" tại Cục Đường thủy nội địa Việt Nam được phản ánh là có cơ sở. Theo đó, ông Phạm Văn Thông đã tự nhận của các nhà thầu hơn 4,8 tỷ đồng và chi phí cho Cục Đường thủy nội địa Việt Nam hơn 406 triệu đồng trong các hoạt động hội nghị, hội thảo, phòng nghỉ, ăn uống, tiếp khách... Theo ông Thông, việc đưa tiền là theo đề nghị của ông Trần Đức Hải.
Tuy nhiên, cơ quan điều tra nhận định, việc ông Hải chỉ đạo bằng miệng chỉ là lời khai một phía của ông Phạm Văn Thông. Thanh tra Bộ GTVT cũng cho rằng, nội dung thông tin phản ánh về việc chi tiền là có cơ sở, nhưng "chỉ có cơ sở với những tài liệu mà các cá nhân đã ký nhận tiền". Bộ GTVT quyết định thu hồi số tiền hơn 4,8 tỷ đồng từ các cá nhân đang công tác tại Cục đường thủy nội địa Việt Nam, nộp ngân sách Nhà nước.
Đồng thời, Bộ GTVT cũng yêu cầu tổ chức kiểm điểm ông Hoàng Hồng Giang, Cục trưởng; ông Trần Văn Thọ, nguyên Phó Cục trưởng, do có sai sót trong việc ký duyệt, để cá nhân lấy tiền từ ông Thông, nguyên Giám đốc Ban Quản lý dự án đường thủy nội địa.