Với lý do CLB chủ quản không cho phép, Javier Patino không về khoác áo đội tuyển Philippines dự AFF Cup 2016. Một lý do khác được đưa ra là tiền thưởng cho ngôi vô địch giải Đông Nam Á không bằng một tháng lương của cầu thủ này, khiến anh không mặn mà.